2022 Fiscal Year Research-status Report

Distributional Survay of Arundo donax by using Azure Custom Vision Service

Research Project

Project/Area Number	20K06344
Research Institution	Ehime University
Principal Investigator	佐久間洋愛媛大学, 理工学研究科(理学系), 准教授 (70452688)
Project Period (FY)	2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords	画像自動認識 / GIS / AZUR / HRM / ゲノムシークエンス
Outline of Annual Research Achievements	1.Microsoft Azure Custom Vision Service 上に構築したダンチクコロニーの画像判定システムの構築を行った。ポジティブ、ネガティブの学習画像を準備し、学習及び評価を繰り返し、画像判定システムの信頼性向上をおこなった。また、四国外の画像や、海外の画像を用いた評価も行った。概ね、日本におけるダンチクコロニーの自動判別を足がかりとなるシステムの構築ができたと考えている。 2.ダンチクの生息地、およびランダムに選択した調査地以内の地点(15000箇所 x 3回繰り返し)気象データ、地理データ、津波データとのオーバーラップについのデータの解析を行い、ダンチク生存地域の特徴を明らかにした。海岸、高度、道路との距離、および津波到達フロントラインとダンチク生存域の強い関連性が明らかとなっている。 3.SSRマーカーの数を増やすため、ダンチクゲノムDNAの解読を行った。ダンチクのゲノムはおよそ10Gbpあることが明らかとなっている。またSSRマーカー以外にも、前述のゲノムサイズや倍数性が明らかとなり、日本自生のグループと海外に生息するグループの比較が可能となっている。ゲノム情報に基づきSSR配列を検索、SSRマーカーとして使えるPCR-HRM-SＳＲプライマーの数を増やした。 4.津波避難のランドマークとしてのダンチクコロニー情報の公開航空写真を用いて特定した四国内のダンチクコロニーと津波浸水予測地域との照合を完了した。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 概ね計画どおり進められた。しかしながら、COVID19の影響でダンチクのサンプリングに遅れが出ていた。今後はサンプリングを進め、HRM-SSR解析により系統関係を明らかにしていく予定である。
Strategy for Future Research Activity	2023年度は遅れていたサンプリングを中心に研究を進め、完成度を高める予定である。本課題において開発したダンチクコロニー判別システムを用いて、コロニーの検出を行い、フィールドワークによりその制度の確認、及びサンプリングを行うとともに、その結果をダンチクコロニー判別システムの改善にも用いる。このシステムは世界的に移入種として問題視されているダンチクの生息地コントロールにも役立つことが期待される。サンプリングした試料を用いてSSR-HRM解析を行い、各コロニー間の遺伝的関連性、多様性を明らかにしていく。ゲノム配列の解析を進め、SSRマーカーの種類を増やし、SSR-HRM解析の精度を向上させていく。
Causes of Carryover	研究全般に渡り、COVID19の影響でフィールドワークの進行に遅延があり、サンプル数を増やし研究の信頼性の向上を図るために使用する予算として、確保した。