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2021 Fiscal Year Research-status Report

Structural and functional analysis of FANCM-CENP-SX complex

Research Project

Project/Area Number 20K06512
Research InstitutionTokyo University of Science

Principal Investigator

西野 達哉  東京理科大学, 先進工学部生命システム工学科, 教授 (50533155)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords染色体分配 / DNA修復 / X線結晶構造解析 / 生化学 / タンパク質-DNA複合体
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、FANCM-MHF複合体のDNA認識機構の構造的基盤を明らかにすることを目的として生化学、構造解析を行った。まず、ニワトリFANCMヘリカーゼドメインを含むコンストラクトを作成した。現在FANCMヘリカーゼドメイン単独およびFANCMヘリカーゼ-MHF複合体のコンストラクトより組換タンパク質を発現精製している。精製タンパク質が得られ次第、生化学、構造解析を行う予定である。
一方、昨年度結晶構造を報告したFANCM-MHF複合体とCENP-SX複合体に関しては両者のDNA結合解析を詳細に行った。その結果、同じDNAに対して結合のモードが異なることが明らかになった。特にFANCM-MHFは主に単一の複合体で結合するのに対して、CENP-SXは複数で結合していると思われる結果が得られた。さらにDNAとの相互作用を原子レベルで明らかにすることを目的として、DNAとの結晶化を行った。その結果、二重鎖DNAと混合した条件で結晶を得ることに成功し、MHF(CENP-SX)複合体とDNAとの結晶化においても同様な結晶が得られた。SDS-PAGEおよびDNA標識蛍光剤によって結晶を解析した結果、どちらもCENP-SX-DNA複合体であることが判明した。これは、昨年度に報告したとおり、結晶化溶液中の有機溶媒や酸化条件によってFANCMが複合体より解離したものと思われる。結晶にX線を照射したところ、低分解能の回折が得られた。DNAの長さや末端形状、結晶化条件やクライオ条件を改善した結果、分解能が向上した。
これらの結果は論文として報告した。(Ito and Nishino, 2022)
現在は構造決定を目的として、分子置換法や重金属置換体による位相決定を行っている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究成果を論文として公表することができた。

Strategy for Future Research Activity

次年度は研究計画に乗っ取り、現在得られている結晶構造の決定、生化学的解析を行う予定である。

  • Research Products

    (25 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (22 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Biochemical and crystallization analysis of the CENP-SX-DNA complex2022

    • Author(s)
      Ito Sho、Nishino Tatsuya
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications

      Volume: 78 Pages: 193~199

    • DOI

      10.1107/S2053230X22003843

  • [Journal Article] Cooperative recruitment of RDR6 by SGS3 and SDE5 during siRNA amplification in Arabidopsis2021

    • Author(s)
      Yoshikawa M., Han Y.W., Fujii H., Aizawa S., Nishino T., Ishikawa M.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      Volume: 118 Pages: 1-9

    • DOI

      10.1073/pnas.2102885118

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 好熱性細菌由来TT_C0005のタンパク質発現精製と結晶構造解析2022

    • Author(s)
      田村青葉、西野達哉
    • Organizer
      2021年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] Vasohibin-SVBP複合体の相互作用と構造機能解析2021

    • Author(s)
      西野達哉
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会ワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] ヒトVASH1/SVBP複合体の立体構造機能解析2021

    • Author(s)
      山本拓実、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 植物RNAサイレンシング増幅機構に関与するSGS3の構造機能解析2021

    • Author(s)
      飯野菜摘、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 減数分裂組換え機構に関与する植物由来SPO11の構造機能解析に向けた発現条件検討2021

    • Author(s)
      小栗健太郎、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 好熱性細菌由来Cytidine deaminaseのタンパク質発現精製と結晶構造解析2021

    • Author(s)
      小林瑶、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 好熱性細菌由来TT_C0005のタンパク質発現精製と結晶構造解析2021

    • Author(s)
      田村青葉、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] VASH1/SVBPの立体構造機能解析2021

    • Author(s)
      山本拓実、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] IMPACTタンパク質の発現精製と構造機能解析2021

    • Author(s)
      井戸海来、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] AID2法によるタンパク質高速分解の発現精製及び結晶構造解析2021

    • Author(s)
      上田悠理香、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 新規プラスチック分解生物の創造2021

    • Author(s)
      野島涼平、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 大腸菌由来YraNタンパク質の発現精製と構造機能解析2021

    • Author(s)
      大関彩香、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] ホルモン依存性がん関連遺伝子GREB1LのN末端領域の発現精製と機能解析2021

    • Author(s)
      関大毅、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] HP1結合によるCPC活性化機構解析2021

    • Author(s)
      関田貴弘、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 超好熱性古細菌由来アルコールデヒドロゲナーゼの構造解析と生化学的解析2021

    • Author(s)
      高橋美名、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 好熱性細菌由来putative dCTP deaminaseの構造解析と生化学的解析2021

    • Author(s)
      沼野弘幸、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] 植物RNAサイレンシング増幅機構に関与するSDE5の構造機能解析2021

    • Author(s)
      林洋希、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] ヒト VASH2/SVBP の複合体解析2021

    • Author(s)
      平嶋蓮、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] CENP-SX および FANCM-CENP-SX の DNA 結合状態の比較検討2021

    • Author(s)
      三輪英大、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] DNA修復機構因子FANCMのHelicaseドメインの構造機能解析2021

    • Author(s)
      韓海峰、西野達哉
    • Organizer
      BIC2021
  • [Presentation] Optimizing the purification of a DNA processing enzyme2021

    • Author(s)
      田村青葉、西野達哉
    • Organizer
      第4回つくば精製フォーラム
  • [Presentation] Optimization of the recombinant secretory protein expression2021

    • Author(s)
      野島涼平、西野達哉
    • Organizer
      第4回つくば精製フォーラム
  • [Remarks] 東京理科大学先進工学部生命システム工学科、西野研究室ホームページ

    • URL

      https://nishinotatsuya.wixsite.com/toopage

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Published: 2022-12-28  

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