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2021 Fiscal Year Research-status Report

好熱性シアノバクテリア由来光合成超複合体の機能・構造解明

Research Project

Project/Area Number 20K06528
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

川上 恵典  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 研究員 (40619904)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 長尾 遼  岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 特任講師 (30633961)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords光合成 / 光捕集 / クライオ電子顕微鏡 / 単粒子解析
Outline of Annual Research Achievements

地球上に生息する好気性生物は、植物や藻類が形成した酸素分子(O2)を呼吸によって消費することで生命活動を維持している。植物・藻類の光合成の初期反応において、太陽の光エネルギーは集光性アンテナタンパク質(LHC)を用いて吸収された後、水分子を分解して酸素と電子、そしてプロトンを放出する。
フィコビリソーム(PBS)は藻類がもつ巨大な光捕集アンテナ蛋白質であり、吸収した光エネルギーを光化学系蛋白質(光化学系IとII)に伝達する。本研究では、好熱性ラン藻由来PBSの立体構造とその内部のエネルギー伝達様式を明らかにするため、PBSの中心部位(PBS core)とアンテナ部位に相当するフィコシアニンロッド(PC rod)の構造解析を行った。
クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析により、PBS coreとPC rodの構造をそれぞれ3.7 Åと4.2 Å分解能で解析した。好熱性ラン藻のPBSの形状は「扇型」で、PBS coreはアロフィコシアニン蛋白質群(ApcA, ApcB, ApcC, ApcD, ApcE, ApcF)で構成されていた。ApcEはリンカー蛋白質と呼ばれるサブユニットの1つであり、ApcEは光化学系蛋白質にエネルギー伝達を行う重要なサブユニットである。好熱性ラン藻のApcEには、紅藻PBS coreには存在しないAPC複合体(Cシリンダー)と相互作用するためのドメイン(Rep 4)が存在し、それらの相互作用を明らかにできた。さらにApcE内にある発色団フィコシアノビリンは、Trp残基とπ-π相互作用を形成し、ApcF内の発色団と近接していることからこの2つの発色団は励起子カップリングを形成することが示唆された。これら発色団とその周辺構造の特徴が、光エネルギーがPBS coreから光化学系蛋白質へと伝達する重要な因子であることは本研究で明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

好熱性ラン藻(Thermosynechococcus vulcanus)由来PBS coreとPC rodの立体構造を解析し、その研究成果を現在論文投稿・リバイス対応中である(Kawakami et al., bioRxiv, 2021. doi: 10.1101/2021.11.07.467602)。さらに、PBSとPSIIが相互作用した超複合体PBS-PSIIの純度・均一性を負染色2次元解析によって評価し、構造解析可能な試料であることを確認できた。今後、T. vulcanus由来PBS-PSIIの立体構造解析を、クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析によって明らかにする予定である。

Strategy for Future Research Activity

T. vulcanus由来PBS-PSIIの立体構造解析を、クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析によって明らかにしていく。加えて、PBSとPSIが相互作用した超複合体PBS-PSIの試料評価を進め、構造解析可能な試料であることが確認でき次第、クライオ電子顕微鏡撮影を進めていく。

Causes of Carryover

当該助成金が生じた状況として、2021年度はCOVID-19の影響により学会・研究会・研究打ち合わせなどの出張が全てオンラインでの開催となったため、出張費の支出がなくなったため。来年度は、これまでの研究成果をまとめるための論文投稿費用として使用する予定である。

  • Research Products

    (9 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for the absence of low-energy chlorophylls in a photosystem I trimer from Gloeobacter violaceus2022

    • Author(s)
      Kato Koji、Hamaguchi Tasuku、Nagao Ryo、Kawakami Keisuke、Ueno Yoshifumi、Suzuki Takehiro、Uchida Hiroko、Murakami Akio、Nakajima Yoshiki、Yokono Makio、Akimoto Seiji、Dohmae Naoshi、Yonekura Koji、Shen Jian-Ren
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 11 Pages: e73990

    • DOI

      10.7554/elife.73990

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Ultrafast energy transfer dynamics of phycobilisome from Thermosynechococcus vulcanus, as revealed by ps fluorescence and fs pump-probe spectroscopies2021

    • Author(s)
      Hirota Yuma、Serikawa Hiroki、Kawakami Keisuke、Ueno Masato、Kamiya Nobuo、Kosumi Daisuke
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 148 Pages: 181~190

    • DOI

      10.1007/s11120-021-00844-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural implications for a phycobilisome complex from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus2021

    • Author(s)
      Kawakami Keisuke、Nagao Ryo、Tahara Yuhei O.、Hamaguchi Tasuku、Suzuki Takehiro、Dohmae Naoshi、Kosumi Daisuke、Shen Jian-Ren、Miyata Makoto、Yonekura Koji、Kamiya Nobuo
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1862 Pages: 148458~148458

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2021.148458

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 巨大アンテナ蛋白質フィコビリソームコアの クライオ電子顕微鏡解析2022

    • Author(s)
      〇川上恵典、浜口祐、広瀬侑、小澄大輔、宮田真人、神谷信夫、米倉功治
    • Organizer
      新学術領域研究第4回最終公開シンポジウム(ハイブリッド)
  • [Presentation] Core structure of a thermophilic cyanobacterial light-harvesting phycobilisome2022

    • Author(s)
      〇川上恵典、浜口祐、広瀬侑、小澄大輔、宮田真人、神谷信夫、米倉功治
    • Organizer
      第63回日本植物生理学会年会(オンライン)
  • [Presentation] Acaryochloris marina由来光化学系I複合体の立体構造解析2021

    • Author(s)
      浜口祐、〇川上恵典、伊藤(新澤)恭子、菓子野(井上)名津子、伊藤繁、 伊福健太郎、山下栄樹、前田皐臣、米倉功治、菓子野康浩
    • Organizer
      第28回「光合成セミナー2021」(オンライン)
  • [Presentation] 巨大アンテナ蛋白質フィコビリソームコアの クライオ電子顕微鏡解析2021

    • Author(s)
      〇川上恵典、浜口祐、広瀬侑、小澄大輔、宮田真人、神谷信夫、米倉功治
    • Organizer
      新学術領域研究 第4回合同班会議
  • [Presentation] 光合成タンパク質の精製 とその立体構造解析2021

    • Author(s)
      川上恵典
    • Organizer
      第1回光合成タンパク質勉強会(オンライン)
    • Invited
  • [Remarks] 光捕集複合体フィコビリソームの単粒子構造解析

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2021/20210610_4/index.html

URL: 

Published: 2022-12-28  

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