2022 Fiscal Year Annual Research Report
Understanding enhancer allocation by 3D genome "domains" through analysis of two parameters in the regulation.
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20K06603
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
辻村 太郎 京都大学, 高等研究院, 特定講師 (90741893)
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2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | ゲノム / クロマチン高次構造 / エンハンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
最終年度は、マルチコンタクトクロマチン高次構造解析手法の高度化にとりくみ、それを活用して、ヒトiPS細胞におけるMYC遺伝子座の高次構造について検討した。特に、MYC遺伝子を含むコンタクトパターンを抽出し、それらについて同時にDNAメチル化状態を検出することができた。
特に、STITCHシステムによって、MYCとスーパーエンハンサーとの相互作用をオン、オフで切り替え、それらについて、MYCコンタクトパターンを比較した。その結果、MYCとスーパーエンハンサーとのコンタクトが検出された分子群について、相互作用ありの場合の方が、スーパーエンハンサーの複数領域と同時コンタクトしている割合が高かった。この結果は、スーパーエンハンサー内部の個々のシス因子の協調状態を表しているのではないかと考えている。本結果については、さらなる検証実験を実施する。
一方で、特にMYC遺伝子周辺のDNAメチル化状態について、相互作用の有無で比較したところ、顕著な差は見出せなかった。ヒトiPS細胞において、抑制された遺伝子でもDNAメチル化状態が低いものがよく見られることはすでに知られており、それを考えれば、矛盾のない結果と言える。
研究期間を通して、スーパーエンハンサーの部分欠失、STITCHの連続導入など、エンハンサーの作用機序を調べるためのゲノム編集を進めることができた。また、そのためのアッセイ手法も確立することができた。しかしながら、その詳細な解析にを完了させるには至らなかった。これについては、本研究期間が終了後も継続して研究を進める。
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