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2022 Fiscal Year Annual Research Report

CRISPRゲノムワイドスクリーニングによるマクロピノサイトーシス制御因子の同定

Research Project

Project/Area Number 20K06636
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

坂巻 純一  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任助教 (10825938)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsマクロピノサイトーシス / CRISPR-Cas9 / ユビキチン
Outline of Annual Research Achievements

マクロピノサイトーシスは細胞膜のラメリポディアの伸長と退縮により、細胞外液とそこに含まれる高分子を細胞内に取り込み、リソソームで分解する機構である。本研究計画では、マクロピノサイトーシス制御遺伝子を網羅的に同定するために、CRISPR-Cas9システムを用いたゲノムワイドスクリーニングを行った。期待されていたマクロピノサイトーシス不全細胞集団が得られなかったため、オルガネラ動態の新規制御因子の探索を目的として、膜のユビキチン修飾に焦点を当てて解析を行った。オルガネラ膜を構成するリン脂質であるホスファチジルエタノールアミン(PE)がユビキチン化されることを発見した。PEユビキチン化はエンドソームやリソソームなどのオルガネラや一部のウイルスで見られた。この修飾はタンパク質ユビキチン化と同様の反応によって触媒されており、出芽酵母ではユビキチン活性化酵素Uba1、ユビキチン結合酵素Ubc4/5、ユビキチンリガーゼTul1が一連の反応を担う。PEと結合したユビキチンは、脱ユビキチン化酵素Doa4により除去されるか、液胞へ運ばれて分解される。PEユビキチン化は膜の変形や切断に関与するESCRT複合体をエンドソーム膜に引き寄せ、エンドソーム内腔に小胞が形成する過程(腔内小胞形成)に関わる可能性が示唆された。さらに、ユビキチンファミリーのNEDD8やISG15もリン脂質と共有結合することが明らかになった。以上、オルガネラ膜を構成するリン脂質そのものがユビキチン化されることが示され、リン脂質との共有結合はユビキチンファミリーが持つ一般的な特徴であることが示唆された(Sakamaki J et al. Mol Cell 2022)。

  • Research Products

    (14 results)

All 2023 2022

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Protocol to purify and detect ubiquitinated phospholipids in budding yeast and human cell lines2023

    • Author(s)
      Sakamaki Jun-ichi、Mizushima Noboru
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 4 Pages: 101935~101935

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2022.101935

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The pH-sensing Rim101 pathway regulates cell size in budding yeast2023

    • Author(s)
      Shimasawa Masaru、Sakamaki Jun-ichi、Maeda Tatsuya、Mizushima Noboru
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 102973~102973

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.102973

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cell biology of protein?lipid conjugation2023

    • Author(s)
      Sakamaki Jun-ichi、Mizushima Noboru
    • Journal Title

      Cell Structure and Function

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1247/csf.23016

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 細胞小器官の膜リン脂質のユビキチン化2023

    • Author(s)
      坂巻純一、水島昇
    • Journal Title

      実験医学 2023年 2月号

      Volume: 41 Pages: 437~

    • DOI

      10.18958/7189-00003-0000377-00

  • [Journal Article] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes2022

    • Author(s)
      Sakamaki Jun-ichi、Ode Koji L.、Kurikawa Yoshitaka、Ueda Hiroki R.、Yamamoto Hayashi、Mizushima Noboru
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 82 Pages: 3677~3692.e11

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2022.08.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conjugation of the ubiquitin family proteins to phospholipids2022

    • Author(s)
      Sakamaki Jun-Ichi、Mizushima Noboru
    • Journal Title

      Autophagy

      Volume: 19 Pages: 1361~1362

    • DOI

      10.1080/15548627.2022.2123637

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes2022

    • Author(s)
      Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
    • Organizer
      The 23rd TMIMS International Symposium on "New Frontiers in Ubiquitin Proteasome System"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes2022

    • Author(s)
      Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
    • Organizer
      The international symposium in Tokyo 2022 "Ubiquitin New Frontier: from Neo-Biology to Targeted Protein Degradation"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes2022

    • Author(s)
      Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会大会
  • [Presentation] オルガネラ膜脂質ホスファチジルエタノールアミンのユビキチン化2022

    • Author(s)
      坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes2022

    • Author(s)
      Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Autophagy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] オルガネラ膜脂質ホスファチジルエタノールアミンのユビキチン化2022

    • Author(s)
      坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
    • Organizer
      第33回高遠分子細胞生物学シンポジウム
  • [Presentation] オルガネラ膜脂質ホスファチジルエタノールアミンのユビキチン化2022

    • Author(s)
      坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
    • Organizer
      第74回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes2022

    • Author(s)
      坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
    • Organizer
      第21回東京大学生命科学シンポジウム

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Published: 2023-12-25  

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