2022 Fiscal Year Research-status Report
Isolation of neighboring cell-interacting factors in plants
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20K06669
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| Research Institution | Nara Institute of Science and Technology |
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Principal Investigator |
久保 稔 奈良先端科学技術大学院大学, デジタルグリーンイノベーションセンター, 特任准教授 (30342778)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 細胞間相互作用 / 次世代シーケンシング / 1細胞解析 / 幹細胞 / 頂端細胞 / 仮根 / 環境応答 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題では、植物組織における隣接する個々の細胞において、それらの遺伝子発現量を調べることで、植物細胞間の相互作用に関連する遺伝子を探索し、それらの機能を明らかにすることを目的としている。R４年度は1cell-DGE法(Kubo et al., 2019)を用いてこれまでに行った3つのアプローチ（１）ヒメツリガネゴケの「孤立させた1葉細胞」の計時的な1細胞トランスクリプトーム解析、（２）オオミズゴケの葉分化過程における１細胞トランスクリプトーム解析、（３）ヒメツリガネゴケ仮根の頂端細胞におけるトランスクリプトーム解析 についてデータ解析を行った。
(1)においては、「孤立させた1葉細胞」が全て原糸体頂端細胞へとリプログラミングすることからリプログラミング課程の時系列データとして解析を行い、リプログラミング課程の細分化が見出された。
(2)においては、オオミズゴケ幼葉の葉綠細胞と透明細胞由来の各プロトプラストごとに取得したトランスクリプトームデータから、透明細胞で有意に高発現している遺伝子を見出した。
(3)においては、異なる重力条件において育成させたヒメツリガネゴケ仮根先端細胞から得られたトランスクリプトームデータ解析を行ったが、有意な変動を示す遺伝子の同定には至らなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
得られた１細胞トランスクリプトームデータの解析を進めているが、リファレンスゲノムの利用の可否、解析ソフトウェアのアップデート状況などにより、都度のデータ解析が必要となり、進捗に影響があった。加えてヒメツリガネゴケ切断葉の切断面における隣接した葉細胞のサンプリングを進めるための準備に遅延が生じ、未だ１細胞トランスクリプトーム解析が実施できていない。
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| Strategy for Future Research Activity |
最新の1細胞解析用に開発されたパッケージを用いた多変量解析、細胞系譜解析を行い、近接細胞間で働く遺伝子候補を同定する。 ヒメツリガネゴケにおいては、隣接した葉細胞のサンプリングを進め、トランスクリプトームデータの取得を行う。得られたデータから候補遺伝子について、ゲノム編集を用いたノックアウトラインを作成し、細胞分化もしくはリプログラミング時に影響がないかを観察する。オオミズゴケについては、in situハイブリダイゼーション法を確立し、これら遺伝子の局在について検証する。
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| Causes of Carryover |
次世代シーケンサーを用いた1細胞トランスクリプトーム解析の一部を次年度に実施することにしたため、それにかかる費用を繰り越した。
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