2024 Fiscal Year Annual Research Report
MAFFT多重配列アラインメントプログラムの機能拡張
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20K06767
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
加藤 和貴 大阪大学, 微生物病研究所, 准教授 (70378868)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | Sequence alignment / 環境DNAメタバーコーディング / T細胞受容体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究期間全体を通じた成果は、GISAIDチームの要請に基づきMAFFTプログラムの新しいオプションを提供したこと、絶滅種モアのゲノム計画のために、モアと現生種シギダチョウの間の染色体全体程度の長さのグローバルアラインメントの計算を支援したこと (Edwars et al 2024; Science Advances) などである。
今年度は、多重配列アラインメントのためのMAFFT外部向けウェブサービスの拡充を図った。その適用例として、環境DNA（eDNA）メタバーコーディングに用いるミトコンドリアゲノム上の複数の領域の比較し、どの領域がどのような場合に適しているか明らかにするための、ポルトガルMinho大学のJ.T.Fontes博士らによる解析を支援した。この解析では、NCBI GenBankに登録されている多量の部分的および完全なミトコンドリアゲノムデータから問題の領域を取り出し、高速にアラインメントを計算するため前年度までに実装した、LASTローカルペアワイズアラインメントプログラムとMAFFTプログラムを組み合わせたサービスを用いた。解析の結果を、Fontes et al (2025; Metabarcoding and Metagenomics) で報告した。
第二に、哺乳類のT細胞受容体遺伝子とIG遺伝子を構成する、ゲノム上の多数のV,D,J遺伝子の同定を試みた。この解析に通常の遺伝子発見アルゴリズムは適していないため、手作業が必要である。そのため、この領域が正確にアノテートされた生物種は少なく、これらの遺伝子のゲノム上の分布に基づく進化学的議論は困難である。大学院生のZhou Hao氏が、この研究の過程でウシゲノム上に新たなTRGJ遺伝子を発見し、報告した (Zhou et al 投稿中)。
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