2021 Fiscal Year Research-status Report
Comparative phylogeopraphy of river fishes using environmental DNA sequencing
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20K06782
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
田邉 晶史 東北大学, 生命科学研究科, 助教 (40549044)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 環境DNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2021年度は、選定した調査対象河川を夏季に訪問して環境DNA試料を得る予定だったが、COVID-19の大流行のため遠距離の出張を見送らざるを得ず、環境DNA試料を得られなかった。
2022年度の環境DNA採集調査・分析に備えて、プラスチック製消耗品の流通状況を調査したところ、環境DNA採集に用いるMerck-Millipore社のSterivex-HV、および抽出後の環境DNA溶液保管に用いるEppendorf社のDNA LoBindチューブ等が国内在庫なしになることが頻繁にあったため、早めの取り寄せを行い、入手した。
また、想定外の研究の遅れにより、研究の残り期間が更に減少したため、環境DNA採集調査を行う調査対象河川は優先度の高いものと低いものの2種類に分け、優先度の高い方を2022年度に、優先度の低い方は2023年度以降に行う計画に変更した。
研究期間中に、より効率的な環境DNAメタバーコーディングライブラリ調製プロトコルが公表された(https://doi.org/10.1101/2022.02.15.480497)ため、このプロトコルの使用を想定して、環境DNA採集後のDNA分析プロトコルの修正を行った。さらに、このプロトコルでシーケンスした環境DNAメタバーコーディングライブラリは、データ処理方法も修正を加える必要があったため、対応するために開発済みのデータ分析パイプラインを更新した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
環境DNA採集に適した夏季のCOVID-19流行のため、遠距離の出張をすることができず、試料を得ることができなかった。このため、分析する試料が手元にない。
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| Strategy for Future Research Activity |
研究の最初の一歩となる環境DNA試料の採集が滞っているため、ここを迅速化する必要がある。そこで、採集の手順を見直して所要時間を短縮した。
2022年度の夏季で環境DNA試料の採集を終える予定だが、また不測の事態により終えられなかった場合、研究期間の延長を申請する予定。
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| Causes of Carryover |
夏季に環境DNA試料の採集旅行を予定していたが、COVID-19の流行により遠距離の出張を見送らざるを得なかったため。
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