2021 Fiscal Year Research-status Report
基質応答現象に基づく海底下微生物機能性遺伝子の探索と同定
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20K06828
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| Research Institution | Kochi University |
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Principal Investigator |
若松 泰介 高知大学, 教育研究部総合科学系生命環境医学部門, 准教授 (60597938)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
諸野 祐樹 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(高知コア研究所), 主任研究員 (30421845)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 海底下微生物 / 遺伝子 / 基質応答 / メタゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
まず、前年度までの研究成果内容（evoglowをレポーター遺伝子とした嫌気/好気両条件下で実施可能なSIGEX法の開発）をFrontiers in Microbiologyに投稿し、半年程で受理された。本年度は、2つのSIGEXライブラリー（KY11-E06_0-5ライブラリーとNT13-15_0-10ライブラリー）を用いた前年度の解析で、好気条件下での基質誘導で非常に高い応答を起こすことが明らかとなった2,4-ジクロロフェノール、MnCl2、NiCl2に対する陽性候補クローンの単離を蛍光活性化セルソーティング（FACS）で行った。幾つかの単離クローンについて、基質誘導解析を行ったところ、誘導基質での応答が観察されたため、一先ず全ての単離クローンの所持プラスミドDNA（数：400程）の抽出を行った。また前年度は、KY11-E06_0-5ライブラリーから嫌気条件下でのみ3-クロロ安息酸に応答するある1つの陽性クローンの単離、挿入断片1114bpの塩基配列の同定に成功したが、本年度は同様の基質応答特性を示すクローンをNT13-15_0-10ライブラリーから新たに3つ単離することに成功し、挿入断片配列も明らかにした（挿入断片長：1405bp、1455bp、1705bp）。2つのクローン（挿入断片長：1144bp、1705bp）について、応答必須領域の同定のため、inverse PCRを用いて欠失変異体を作製済みであり、現在基質応答について解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
まず、前年度までの研究成果内容（evoglowをレポーター遺伝子とした嫌気/好気両条件下で実施可能なSIGEX法の開発）をFrontiers in Microbiologyに投稿し、半年程で受理された。また、KY11-E06_0-5ライブラリーやNT13-15_0-10ライブラリーから2,4-ジクロロフェノールやMnCl2、NiCl2に応答する400程の陽性クローン候補をFACSにより単離することが出来た。それらのプラスミドDNAの抽出も終了しており、現在、挿入断片配列やゲノム上での周辺配列配列を解析中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
抽出済みのプラスミドDNAの挿入断片配列やゲノムDNA上での周辺配列を明らかにする。また、詳細な基質応答特異性解析を行う。応答必須領域の同定を欠失変異体解析で行う。
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| Causes of Carryover |
作製済みSIGEXライブラリーで高い誘導割合を示すことが明らかとなっていた好気条件下での2,4-ジクロロフェノール、MnCl2、NiCl2に対する陽性候補クローンのFACSを用いた単離については本年度で完了することが出来たが、挿入断片やゲノム上での周辺配列の解析や詳細な基質応答性解析は出来なかったため、その予算を次年度へ回す。
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Research Products
(6 results)
