2022 Fiscal Year Annual Research Report
The study of the mood system by single cellular analysis of bipolar model animal
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20K06919
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
島 康之 国立研究開発法人理化学研究所, 脳神経科学研究センター, 上級研究員 (60815885)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 双極性障害 / セルタイプ / scRNAseq / in situ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度末に視床室傍核（Paraventricular nucleus of thalamus, PVT）のセルタイプ分類解析を行なった論文を投稿した。本年度は投稿した論文に対するレヴューワーのコメントに対する実験を主に行った。主要コメントは１）scRNAseqの細胞数が少ない（３０００細胞以下）、２）PVTのセルタイプの分布を確認するin situ ハイブリダイゼーションのクオリティが低い、という２点であった。シーケンスの細胞数を追加するために、scRNAseqのライブラリーを十二個体から２セットづつ、合計２４ライブラリーを追加で解析した。結果、１万細胞以上からデータを得て、既存データを含めて再解析した。PVTの神経細胞の分類では、既存データでは四種類に分類されていたが、再解析の結果五種類のクラスタリングが最も安定していた。新たに同定された五種類のセルタイプそれぞれについて、マーカー遺伝子候補を二種選定し、RNAscopeによる多色蛍光in situハイブリダイゼーションを行った。RNAscopeは同時に四遺伝子までしか染色できないため、主要４セルタイプに関して、２セットのマーカー遺伝子で同時染色を行い、セルタイプの分布を解析した。その結果、四種のマーカーを三種以上発現する細胞は少なく、多くの細胞はマーカー遺伝子を一種または二種発現していた。マーカー遺伝子の発現レベルによる主成分解析では、PVTの細胞がマーカー発現を段階的に変化させていく様子が確認できた。今年度の研究により、PVT細胞のアイデンティティが連続的、段階的な変化を発見できた。
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