2021 Fiscal Year Research-status Report
Identification of novel drug-responsive cell subpopulations with chromatin accessibility analysis of head and neck cancer
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20K07383
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
森 泰昌 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (00296708)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 頭頸部がん / TP53 / ゲノム解析 / クロマチン解析 / 治療開発 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、頭頸部扁平上皮癌を時空間的にゲノム・トランスクリプト―ム解析と、がんの不均一性やゲノム異常の蓄積、それに伴う治療抵抗性を理解し、予後への影響とクロマチン領域のアクセシビリティの変化から遺伝子発現に関連するゲノム領域の特定と結合転写因子の推定から新規ファーストラインとなる薬剤の選択による個別化治療開発を行うことにある。頭頸部癌においては異時性・同時性重複癌が多いことが知られていることに着目する。発生した重複癌の多くは異なるクローンから発生していることが明らかとなっており、それはfield cancerizationによると理解されている。しかしながら、そのサブポピュレーションには違いがあることから、多様性を規定するサブポピュレーションの違いを腫瘍発生機序やHPVのタイプ、形態学的変化と合わせて解析する。2020年度は、2013～2015年に当科で外科的根治治療を行った、317例の匿名化された詳細な臨床情報のデータベースに転機については随時更新を行った。パラフィン包埋標本あるいは新鮮凍結標本からのDNAを抽出し、シークエンサーを用いて癌関連遺伝子のTP53、AKT、HRAS、PIK3CAならびにCDKN2A, 2B, 1C、PTEN、NOTCH1-3、NF1をターゲットとしたエクソン領域を解析を進めている。2021年度はさらに追加された頭頸部扁平上皮癌FFPE検体からのmulti-regionエクソーム解析について50例以上解析を完了した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
FFPEを基盤として解析については、エクソーム解析、RNA解析ともに順調に進捗している。一方、single cell RNA sequenceについては生検体の採取が必須であったが、コロナウイルス感染のリスクヘッジのため、頭頸部腫瘍の非固定検体の集積が十分に進んていないため、症例の収集が予測より遅れていることが理由として挙げられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまえ解析完了したエクソーム解析のデータを臨床データを含めインフォマティクスを推進する。またsingle cell RNA sequenceを積極的に進める。
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| Causes of Carryover |
コロナ感染の蔓延により手術症例の集積が進まず、当初予定していたsingle cell RNA seq.解析が遅延したため。
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[Journal Article] MicroSEC filters sequence errors for formalin-fixed and paraffin-embedded samples.2021
Author(s)
Ikegami M, Kohsaka S, Hirose T, Ueno T, Inoue S, Kanomata N, Yamauchi H, Mori T, Sekine S, Inamoto Y, Yatabe Y, Kobayashi H, Tanaka S, Mano H.
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Journal Title
Commun Biol.
Volume: 4
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Possible Therapeutic Strategy Involving the Purine Synthesis Pathway Regulated by ITK in Tongue Squamous Cell Carcinoma.2021
Author(s)
Onidani K, Miura N, Sugiura Y, Abe Y, Watabe Y, Kakuya T, Mori T, Yoshimoto S, Adachi J, Kiyoi T, Kabe Y, Suematsu M, Tomonaga T, Shibahara T, Honda K.
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Journal Title
Cancers (Basel)
Volume: 13
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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