2022 Fiscal Year Annual Research Report
Aim to identify a novel gene related to familial Parkinson's disease
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20K07893
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| Research Institution | Juntendo University |
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Principal Investigator |
西岡 健弥 順天堂大学, 医学部, 准教授 (40348933)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 家族性パーキンソン病 / 臨床遺伝学 / Whole genome sequencing / Whole exome sequencing |
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| Outline of Annual Research Achievements |
３世代に渡る発症者を持つパーキンソン病家系の原因遺伝子単離に向けて6名の発症者のうち、追跡可能であった3名の末梢血よりDNAを抽出し、既知のパーキンソン病(PD)原因遺伝子のスクリーニングを行い、変異がないことを確認した上で、Whole Exome Sequencing(WES)を行った。順天堂大学PDゲノムバンクから常染色体優性遺伝形式のサンプル144名を抽出し、上記46種類の遺伝子について、targeted resequencingを行った。その結果，候補遺伝子として考えられた６遺伝子，CDRT15L2, FSD1, AP2A2,TALDO1, SLC22A3, FBLN2について，いずれも病的変異を同定しなかった。
次に3名の発症者に対してWhole Genome Sequencingを追加した。単塩基変異についてはWESと同様に変異を絞り込むことができなかった。構造多型の可能性を考え、WGSのデータを用いて、4種類のStructural Variant Caller (CNVnator, ERDS, LUMPY, Manta)を利用した解析を行った。すべてのVariant Callerで共通する変異はなかった。
従来のshort read sequencingで解析できない、構造多型が原因である可能性を検討し、横浜市立大学遺伝学教室松本直通教授と共同研究を開始し、PacBio社のSequel IIシークエンサーを利用したLong Read Sequencingを行った。3名の罹患者に対して、Coverageは20-30xと十分量のデータを取得し、pbsvとtandem genotypesを利用し、構造多型とrepeat expansionの検出を行った。構造多型に関し、一つの遺伝子の欠失が唯一の候補として残った。現在解析を集中的に行っている。
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[Presentation] SNCA p.V15A a novel pathogenic variant for familial Parkinson’s disease2022
Author(s)
Kensuke Daida, Shotaro Shimonaka, Kahori Shiba-Fukushima, Jun Ogata, Hiroyo Yoshino, Ayami Okuzumi, Taku Hatano, Yumiko Motoi, Manabu Funayama, Tomoki Hirunagi, Kentaro Sahashi, Masao Katsuno, Kenya Nishioka, Yuzuru Imai, Nobutaka Hattori
Organizer
第６３回日本神経学会学術大会
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