2021 Fiscal Year Research-status Report

IPF合併肺癌におけるマクロファージ免疫チェックポイント分子制御機構の解明

Research Project

Project/Area Number	20K08511
Research Institution	University of Tsukuba
Principal Investigator	関根郁夫筑波大学, 医学医療系, 教授 (10508310)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	野口雅之筑波大学, 医学医療系, 教授 (00198582) 鈴木絢子東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (00770348) 鈴木穣東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646) 鈴木敏夫筑波大学, 医学医療系, 講師 (70771856)
Project Period (FY)	2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords	シングルセル解析 / 肺構成細胞
Outline of Annual Research Achievements	特発性肺線維症合併肺癌1例について、1.肉眼的にほぼ正常な肺実質、2.肺の線維化が高度な領域、および3.肺癌組織を切り出し、単一細胞標本を調整した。10x Genomics社 Chromiumシステムを用いるシングルセルRNA発現解析に十分耐えうるクオリティーを確保する実験プロトコールを確立できたが、その後の検討で、肉眼的にほぼ正常な肺実質は、顕微鏡学的には線維化がかなり認められることが判明した。次にSeurat 3.0を用いて肺構成細胞のクラスタリング、クラスター特異的遺伝子の抽出を実施した。その後の検討では肺構成細胞のアンバランスが目立ち、バイアスのかかった結果しか得られない可能性が高いと考えられた。れは、特発性肺線維症の組織構築の維持には多様な細胞腫が関与しているが、各細胞腫によってシングルセル化操作に対する耐性が異なるためと推測している。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 4: Progress in research has been delayed. Reason 当初考えていたよりもシングルセル化した際に発生する特定の細胞腫へのダメージが大きく、研究計画の変更が必要になったことと、コロナウイルス感染症の蔓延により当院における症例に変化が見られ、肺線維症を伴った肺癌の手術症例が減ったため。
Strategy for Future Research Activity	特発性肺線維症は、部位によって線維化の程度が様々で多様な細胞腫がその組織構築の維持に働いていると思われる。各細胞腫によってシングルセル化操作を最適化させることは困難で、、特定の細胞腫へのダメージの問題を解決することが先決と考えている。そのためには、組織環境を保ちつつ全トランスクリプトームをマッピングするのが最良と考え、Visium空間的遺伝子発現解析を行うべく準備している。
Causes of Carryover	当初考えていたよりもシングルセル化した際に発生する特定の細胞腫へのダメージが大きく、研究計画の変更が必要になったため。この問題を解決するためには組織環境を保ちつつ全トランスクリプトームをマッピングするのが最良と考え、Visium空間的遺伝子発現解析を行う予定である。