Ab initio法を活用した造血系腫瘍におけるlncRNAの統合的機能解析

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K08716
• Research Institution: Fukushima Medical University
• Principal Investigator: 森 努 福島県立医科大学, 看護学部, 准教授 (60244373)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 合山 進 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (80431849)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 造血器腫瘍 / システム生物学 / ab initio遺伝子軌道法 / long non-coding RNA

Outline of Annual Research Achievements

白血病の病態で重要な役割を持つlncRNAを同定する目的で，informaticな解析を実行してきた。TCGAに登録された18種の癌種で公開されている全てのmRNAとncRNAの情報をダウンロードし，そこからRNAの発現レベルと，DNAメチル化情報を抽出した。本年度までに，DNAメチル化情報の利用法の開発に成功し，最終的に合計19,198遺伝子についての計算が終了した。
私たちは得られた計算結果と，合山の行った実験結果との照らし合わせを進めてきた。その結果，エピジェネティック制御遺伝子の機能計算に成功したことが判明した。またこの過程で，他の疾患関連遺伝子の同定にも成功したことから，薬剤標的性に関する特許を申請するために準備を開始した段階である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計算法の構築に成功し，得られた計算結果と実験データが符合する例が確認されたため。

Strategy for Future Research Activity

ab initio遺伝子軌道法の計算を，２つの方向から進めてきた。①mRNA+lncRNA計算と，②mRNA+mutation+DNA copy number計算。①と②は，それぞれlncRNAと通常遺伝子のmRNAの機能計算を個別に計算を終了した。さらに①②のデータ統合を進めた結果，各々の計算法には特徴があることが判明した。さらに両方の計算結果を組み合わせることで，wet実験の結果との整合性が得られた。白血病細胞を用いた合山の検討結果との照合結果については，特許との絡みがあるため，最終報告は申請後となる見込みである。