RNAseq analysis for Curebest 95GC

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K08926
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 直居 靖人 大阪大学, 医学系研究科, 准教授 (30646211)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: マイクロアレイ / RNA sequence / 多重遺伝子診断法 / 乳癌

Outline of Annual Research Achievements

「Curebest 95GCのマイクロアレイ法からRNA sequence法への移行研究」
我々は再発予測精度が高い多重遺伝子診断法として、網羅的遺伝子発現解析用マイクロアレイによる乳癌原発巣の95個遺伝子発現値を用いた乳癌再発予測法95GC（製品名 Curebest 95GC breast）を開発し、2013年に実用化し、乳癌診療ガイドライン2015に掲載された。
現在、国内104病院施設及び韓国の3つの癌センターにて採用されている。しかしながら本法では旧来のマイクロアレイ法を用いるため、遺伝子発現情報しか得られないことが将来の発展の妨げになっている。
近年研究トレンドは、マイクロアレイからRNA sequence（以下RNA-Seq）へ移行しており、近い将来にマイクロアレイの生産が終了する可能性もある。そこで本研究の目的は、Curebest 95GC breastをRNA-Seqでも解析可能なようにして、発現情報のみならず融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる新たな検査法として改良することである。
本年度はValidation setを約100例にまで増加して検証を進めた。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

Training set は完成している。本年度はValidation setを約100例にまで増加して検証を進めることができた。そこではマイクロアレイとRNA sequenceの間において、95GC scoreにて良好な関係性を見出すことができた。現時点での相関係数はR＝0.9を超えている。

Strategy for Future Research Activity

現時点までのValidation setにおいては他の研究予算を使用してきたために、科研費は使用していない。今後は科研費を使用して、Validation setを予算的に可能な範囲にまで増加して検証を完成させたいと思います。

Causes of Carryover

これまでの研究は他の研究予算を使用してきた。次年度以降に科研費を使用する予定にしている。