2022 Fiscal Year Annual Research Report
RNAseq analysis for Curebest 95GC
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20K08926
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
直居 靖人 大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい教授 (30646211)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | マイクロアレイ / RNA sequence / 多重遺伝子診断法 / 乳癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
乳癌の再発予測法の開発は、術後補助化学療法の適応を決定する上で臨床現場のニーズが高い。我々は再発予測精度が高い多重遺伝子診断法として、網羅的遺伝子発現解析用マイクロアレイによる原発巣の95個遺伝子発現値を用いた再発予測法95GC（製品名 Curebest 95GC)を開発し、2013年に実用化し、乳癌診療ガイドライン2015に掲載された。現在、国内121病院にて採用されている。本研究の目的は、Curebest 95GCをマイクロアレイのみならず、RNA-Seqでも解析可能なようにして、発現情報のみならず遺伝子変異、融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる新たな検査法として改良することである。
本研究では最初に32例ペア（マイクロアレイ/RNAseq）のトレーニングセットを対象に、従来のFPKM法に代わり、マイクロアレイと相関性が高くなるような新規のRNA-Seq発現量算出法を開発し、Curebest 95GCをマイクロアレイからRNA-Seqへ再現性高く移行する方法を決定した。
次に117例ペアの独立したValidation setを対象に、95GCスコア（再発Lowリスク群：0-50、再発Highリスク群：51-100）の相関性を検証したところ、R=0.94と高い相関性を確認する事ができた。これをもって95GCのマイクロアレイからRNAseqへのプラットフォーム移行は可能であると考えられた。
現在、RNAseq DATAを対象に変異解析を試みているものの、RNAseqにおける数億に及ぶ膨大な配列情報を100人分以上解析するには、大阪大学のスーパーコンピューターを用いても2カ月程度かかり、途中のトラブルもあり難渋している。これら解析が終了し、当初の目的である遺伝子変異、融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られることを確認してから論文発表予定である。
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[Journal Article] Validation of the prognosis of patients with ER positive, HER2 negative and node negative invasive breast cancer classified as low risk by Curebest 95GC Breast in a multi institutional registry study2023
Author(s)
YASUTO NAOI1, RYO TSUNASHIMA2, KENZO SHIMAZU3, MASAHIRO OIKAWA4, SEIICHI IMANISHI5, HIROSHI KOYAMA6, YOSHIHIKO KAMADA7, KAZUHIRO ISHIHARA8, MASAHIKO SUZUKI9, TOMO OSAKO10, TAKAYUKI KINOSHITA11, AKIHIKO SUTO12, SEIGO NAKAMURA13, HITOSHI TSUDA14 and SHINZABURO NOGUCHI15
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Journal Title
ONCOLOGY LETTERS
Volume: 25
Pages: 1-7
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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