2021 Fiscal Year Research-status Report
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20K09025
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| Research Institution | Asahikawa Medical College |
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Principal Investigator |
今井 浩二 旭川医科大学, 医学部, 講師 (10516420)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水上 裕輔 旭川医科大学, 医学部, 教授 (30400089)
唐崎 秀則 医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, 外科的消化器病疾患研究部, 客員研究員 (50374806)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 膵癌 / IPMN / 浸潤 / 分子機構 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、膵管内乳頭粘液性腫瘍（以下、IPMN）の外科切除材料を用い、詳細な病理学的なマッピングと多領域分割シーケンスにより、膵癌関連遺伝子変異の分布情報を得て「浸潤癌を発生しやすいIPMN」の特徴を明らかにすることを目的とする。ひとかたまりに見える嚢胞性病変もpolyclonalである可能性を考慮し、形態学的な特徴を基に領域別に遺伝子解析を行う方針をとった。
2021年度は、浸潤癌を含まない10例のIPMN切除症例を対象に、5mm間隔で全割した標本から上皮内成分のうち異型度や上皮サブタイプ（粘液形質）の異なるコンポーネントに分け、さらに肉眼的正常膵に分布する微小病変、膵管内播種が想定される病変（非連続に進展したと考えられる病変を含む）をマッピングした。症例あたり数十カ所の領域を設定している。これらのうち、連続切片において消失したり、ターゲットシーケンスに必要な10ng以上のゲノムDNAの確保が困難な領域（病変、コンポーネント）を除いて、KRAS及びGNASに加え、high-grade dysplasiaや浸潤癌の形成に必要とされるTP53, SMAD4, CDKN2A等の変異をカバーしたコンパクトパネルを用いたターゲットシーケンシングを行っている（Ion GeneStudio S5 system；Thermo Fisher Scientific）。シーケンスの精度確認のため、デジタルPCR法によりKRAS及びGNASのhot spot変異の検出とvariant frequencyの定量を行った。これらの解析結果、少数のゲノムマーカーによっても各領域におけるクローン類縁性と、これらの空間的な分布の推定がある程度可能な事が分かった。特記すべき知見として、IPMNの悪性度評価の際に重視される「結節性病変」が必ずしも浸潤癌への起点とはならないことを示唆するデータも得ている。今後、腫瘍性病変の組織学的異型度が増す過程において、RNF43やKLF4等のnegative selectionによる喪失する遺伝子変異も報告されており、これらに注目した解析も進める。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
肉眼的正常膵に分布する微小な膵管病変（背景膵病変）の遺伝子解析を行う際に、シーケンス解析に十分な核酸を得られず、デジタルPCR等の手法によりKRAS等に限定した変異情報を得る方法をとっている。また、FFPE材料を用いたエキソーム解析を行う場合には、データ解析において信頼性の高いVAFを得るために、十分なtumor cellularityの確保が必要なことを経験した。
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| Strategy for Future Research Activity |
2022年度はFFPE材料を用いて連続切片から病変由来の核酸を得る際高いシーケンス成功率を得るため、マッピングの段階で微小病変に一定の選択基準を設けるなどの工夫を行う。癌抑制遺伝子のコピー数異常を含めた変異プロファイリンを行うため、ターゲットシーケンス用のパネルにコントロール遺伝子を複数搭載し、プラグインを作製するなどデータ解析のための工夫を行っている。
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| Causes of Carryover |
症例集積がやや遅れているため解析に必要な研究費が次年度にずれ込んだ。コロナ禍のため旅費が発生しなかった。
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