ジャポニカアレイを用いた股関節形成不全の疾患感受性遺伝子の探索

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K09404
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 千葉 大介 東北大学, 大学病院, 助教 (20649727)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 橋本 功 東北大学, 医学系研究科, 講師 (00718497) ; 森 優 東北大学, 大学病院, 助教 (70634541)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 股関節形成不全 / 遺伝子解析 / ゲノム

Outline of Annual Research Achievements

発育性股関節形成不全(developmental dysplasia of the hip: DDH)は日本人に好発する家族集積性の高い疾患である。また本邦では変形性股関節症の約80％はDDHを原因としている。変形性股関節症に対する人工股関節置換術は年間約10万件となり、増加傾向である。変形性股関節症の予防のためにDDHの病態解明は必須であるが、DDHの原因遺伝子は未解明である。当施設では日本人ゲノム解析ツールであるジャポニカアレイを開発している。日本人に最適化されたジャポニカアレイを用いたDDHの原因遺伝子を解明することが目的である。
先行してDDH患者230症例についてジャポニカアレイでの解析を既に行っている。今後DDH 患者200症例の追加解析を目標とする。ジャポニカアレイを用いて日本人に特異的な約66万箇所のSNPの中で、DDH発症と相関するSNPを有する遺伝子群を解析する。また、約30億塩基の全ゲノム構造をインピュテーションすることでDDH疾患感受性遺伝子の網羅的な探索を行う。
健常群は東北大学東北メディカル・メガバンクの2947人のデータを利用予定である。p値が1x10-7以下の疾患感受性が疑われるSNPに関して，ジャポニカアレイ検体とは異なるDDH患者200症例のゲノムDNAを対象にして、Taqman probeを用いたリアルタイムPCRでレプリケーションスタディを行い、ジャポニカアレイで同定された新規DDH関連SNPの発現について検証する。
DDHの網羅的ゲノム解析で探索されたDDH疾患感受性遺伝子について、家族歴・環境因子、画像での重症度評価、手術治療などの臨床情報と相関解析を行うことで重症化関連遺伝子を解明する。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

ジャポニカアレイによるSNP解析を行うための症例数を増やしているところである。ただし、新型コロナ感染症の影響で外来受診患者数が減少し、症例数が予定より集まっていない。

Strategy for Future Research Activity

ジャポニカアレイで股関節形成不全症について有意に発現が亢進している、あるいは低下しているSNPがいつくか同定されているので、症例数を増やしより明確にする。さらにそれぞれのlocusについてPCR法でのreplication解析を進めて行く予定である。

Causes of Carryover

ジャポニカアレイで解析するための症例数が、新型コロナ感染症の影響で予定数集まっておりません。96症例集まらないと解析に回せないので、次年度、症例数が集まり次第解析を行う予定です。