腎癌の循環腫瘍DNAによる変異プロファイル進化の解明と個別化医療への臨床応用

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K09540
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 山本 致之 大阪大学, 医学系研究科, 招へい教員 (90759557)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 植村 元秀 大阪大学, 医学系研究科, 講師 (40631015)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 腎細胞癌

Outline of Annual Research Achievements

腎細胞癌の病理組織像の種類は複数あるため、本研究は腎細胞癌の遺伝子変異に着目した研究であり、集団を均一にする目的で、最も高頻度の淡明細胞型腎細胞癌に絞って研究を開始した。腎細胞癌患者の治療前の血漿からQIAamp circulating nucleic acid kit(QIAGEN社)を用いて、血中遊離DNA：cell free DNA(cfDNA)を抽出した。CfDNAの存在は、蛍光光度計、定量的リアルタイムPCR法ならびにマイクロチップ型電気泳動装置にて確認した。続いて、腎細胞癌特異的なctDNAをターゲットシークエンスで検出するために、公共データベースの約2万種類の遺伝子の中から、変異頻度や腎細胞癌発生・増殖のpathwayへの関連、分子標的治療薬の標的遺伝子を考慮して、標的遺伝子を48個に絞り込み、腎癌カスタムパネルを作成した。本研究は微量なcfDNAのシークエンスを行うため、特定の領域をより重点的に深くシークエンスする必要があり候補を絞った。遺伝子変異パネルに関して、先行研究ではアジレント社のカスタムパネルを使用したが、本研究でも分子バーコードはアジレント社のSureSelect XT HSの利用を考えている。当キットは微量なDNAのシークエンスライブラリー作成に適している。シークエンスは、癌細胞由来ゲノムDNA、リンパ球由来ゲノムDNA、cfDNAを次世代シークエンサーにて比較解析を行い、患者固有の腎細胞癌特異的遺伝子変異を同定し、循環腫瘍DNAを同定する方針である。シークエンス解析は同社のSurecallで行う予定であり、現在Surecallでの解析を準備中である。シークエンス対象となるcfDNAの断片長をバイオアナライザーで測定し、シークエンス候補の選定を行い、最適な症例の抽出を現在行っている。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

血中遊離DNAを抽出するためのサンプルが不足している。また、シークエンス解析の準備に時間がかかっている。

Strategy for Future Research Activity

シークエンスを成功させるための、予備実験を進める。

Causes of Carryover

研究を進めていくうえで必要に応じて研究費を執行したため、当初の見込み額と執行金額が異なった。