2021 Fiscal Year Research-status Report
Gene expression analysis of Human inner ear
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20K09707
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| Research Institution | Shinshu University |
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Principal Investigator |
西尾 信哉 信州大学, 医学部, 特任講師 (70467166)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宇佐美 真一 信州大学, 学術研究院医学系, 教授 (10184996)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | RNA-Seq / 内耳 / 聴覚 / 遺伝性難聴 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
先天性難聴は新生児1,000人に1人に認められる比較的頻度の高い疾患である。当研究室では、従来より難聴の遺伝子解析に取り組んでおり、数多くの遺伝子変異を発見・報告してきた。難聴患者の遺伝子解析を行い、原因遺伝子変異を明らかにすることは、臨床上有用なだけでなく聴覚維持メカニズムを理解する上でも、非常に重要な基盤情報となっている。しかしながら、実際のヒト内耳における遺伝子発現に関する研究は非常に遅れており、遺伝子発現パターン等ほとんど明らかとなっていない。そこで、本研究では、ヒト内耳における遺伝子発現パターンを明らかにするとともに、有毛細胞や血管条などに特異的に発現する遺伝子に関して、難聴患者を対象にした新規原因候補遺伝子のスクリーニングを行い、聴覚の機能維持および難聴発症のメカニズムを解明することを目的に研究をおこなった。
本年度はインスブルック大学にてヒト内耳サンプルを摘出後、RNA-Laterに入れ、凍結状態を保ったまま国内に輸送し、信州大学でtotal RNAを抽出した。得られたTotal RNAをTaKaRa社のSMART-Seq HT kitを用いて次世代シークエンス用のライブラリを合成し、illumina社の次世代シークエンサーおよびOxford Nanopore社の次世代シークエンサーを用いて解析を行った。その結果、今までデータベース上で知られていないヒト内耳に特有のAlternative Splicing Variantsを複数見出すことができた。また、ヒト蝸牛における遺伝子発現の変化に関して基盤となる呪法を得ることができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通りインスブルック大学にてヒト内耳サンプルを摘出後、RNA-Laterに入れ、凍結状態を保ったまま国内に輸送し、信州大学でtotal RNAを抽出し、次世代シークエンス解析を行うことができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度の研究によりヒト内耳のトランスクリプトームを明らかにすることができたため、次年度以降にLMDを組み合わせて解析を実施し、部位別のトランスクリプトームを明らかにする計画である。
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| Causes of Carryover |
当初計画時と比較し試薬をキャンペーン価格で購入することができたため僅かに残金が生じた。次年度以降の研究に必要な試薬の購入に充てる計画である。
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Research Products
(1 results)
