2022 Fiscal Year Annual Research Report
Relationships between genome DNA in dental plaque and periodontitis-analysis of shotgun meta genome
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20K10247
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
江草 正彦 岡山大学, 大学病院, 教授 (90243485)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前田 茂 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (50253000)
江國 大輔 岡山大学, 医歯薬学域, 准教授 (70346443)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 歯周病 / Down syndrome / 次世代シーケンサー / ショットガンメタゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
歯周病の研究としてプラークを構成する菌叢の解析では，構成比が小さい細菌や培養が
困難な細菌，また細菌ではないウイルスなどは解析の対象とすることは困難であった。近年次世代シーケンサー(NGS)が普及するにつれ、 NGS を用いたショットガンメタゲノム(SGM)とメタ 16S 解析により，細菌やウイルスを含めて，プラークを解析することが可能となった。そこで本研究では，全身疾患のない歯周病患者(P)， Down syndrome(DS)患者を対象として，歯周病の評価と NGS による解析結果との関係を調べることを目的とした。歯周病の評価としてpocket depth をNGS解析のサンプルとして，歯周ポケットが最も深い場所から採られたプラークを用いた。解析では，メタゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製後，16S rRNAのV3-V4領域をPCR により増幅しコピー数を調べた。P群3名と，DS群5名を対象とした。解析の結果，DS群とP群の患者で明らかな差異は認められなかった。全体の傾向として，目のレベルで分類したとこ ろ，Clostridiales目，Fusobacteriales目，Bacteroidales目，Actinomycetales目において，プラーク中に比較的高い割合で存在していた。その中では Actinomycetales目が，P群に比較的高い割合で存在していた。また，Clostridiales目とBacteroidales目は，それぞれのプラーク内の相対的な存在割合が，非常に類似していた。Campylobacterales目はプラーク中に占める割合は最大6.1%と多くはなかったが，DS患者で比較的高い割合で存在していた。本研究により，NGS解析では16S rRNA解析よりも精度よく細菌叢の構成を調べることができた。
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