2023 Fiscal Year Research-status Report
Traveler's acquisition and local spread of "worldwde lineage" drug-resistant bacteria elucidated by next-generation sequencer
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20K10426
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| Research Institution | Akita University |
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Principal Investigator |
嵯峨 知生 秋田大学, 医学部附属病院, 准教授 (80459809)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 抗菌薬耐性菌 / 渡航 / 世界流行系統 / 次世代シーケンサ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
抗菌薬耐性菌の増加は今や深刻な国際的脅威と認識されている。耐性菌は、従来から考えられてきた患者体内での選択ではなく、すでに出来上がった耐性菌が地域を越えて分布する『世界流行系統』耐性菌が存在することが明らかにされつつある。しかし世界流行系統の伝播経路は未解明であった。また、渡航は耐性菌獲得リスクだが、市中の健常者の渡航が医療現場の耐性菌に及ぼす影響は未評価である。耐性菌の伝播実態の解明を通じて伝播遮断による根本的な耐性制御につなげることを狙っている。
地方の医療現場にも『世界流行系統』耐性大腸菌ST131-fimH30が存在し、その性質は海外からの報告と共通していたというこれまでの研究成果に立脚し、渡航による耐性菌獲得および渡航者が地域の医療現場の耐性菌に及ぼす影響を直接評価することを目的として、次世代シーケンサを活用した渡航者獲得菌の全ゲノム解析での近縁性評価と耐性菌の系統組成の評価系の構築を行うための準備を進めてきた。昨年度までに、自施設で臨床分離されたST131-fimH30大腸菌14菌株の配列は、極めて近縁のペアが3組あったのみで、それ以外の菌株間の系統は互いに離れており、当院よりも海外分離株のほうが近縁である場合が多かった。複数の亜系統の耐性大腸菌の世界的伝播の一端が当院で観察された貴重な知見であると考えている。
今年度は、新型コロナウイルス感染症のパンデミックの影響のためこれまで整備が遅れていた臨床分離菌の遺伝子解析の実施環境の整備を行った。次世代シーケンサとして従来から保有していたIllumina社製に加えてOxford Nanopore technologies社製を追加導入し、GPU（画像処理装置）でのデータ高速処理環境を整備することができた。あわせて耐性菌および渡航医学に関するこれまでの研究成果を踏まえた演題を国際学会1件、国内学会1件で発表した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
海外渡航自体の制約は解除されてきたものの、引き続き今年度も新型コロナウイルス感染症のパンデミックのため、感染制御の現場も新型コロナ感染症対応に追われる状況が続いており、渡航者を対象とする本研究への影響は大きかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
新型コロナウイルス感染症のパンデミックで海外渡航自体の制約はおおむね解除され、本研究の進展の機運は高まっている。そのような中、次世代シークエンサ活用環境に加えてin silicoでの系統解析や薬剤感受性測定環境を整備することができた意義は大きい。パンデミックの影響はいまだ大きいものの、渡航者を対象とする本研究の検体採取が可能となっている次年度はこれらを活用して研究の進展を図りたい。
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| Causes of Carryover |
新型コロナウイルス感染症のパンデミックの影響を受け、本研究に必要な渡航者の確保が以前と比べて大幅に困難になったため。また、微生物検査室および感染制御部の業務が新型コロナウイルス感染症対応に大幅にシフトしたため。研究環境整備は別予算で行うことができた。
次年度以降、本年度実施を見送らざるを得なかった検討を行う予定としている。
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[Presentation] Development of a Scalable Pre-travel Education Program for Students Doing Fieldwork Abroad and Establishment of a Travel Clinic at a University Located in Rural Japan.2023
Author(s)
Tomoo Saga, Akiko Saga, Ayumi Omokawa, Shigeharu Ueki, Tomomi Suda, Haruka Hikichi, Ken Watanabe, Ryo Hasegawa, Yuki Fujioka, Yuki Moritoki, Hitoshi Hasegawa
Organizer
CISTM18 (18th Conference of the international society for travel medicine)
Int'l Joint Research
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