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2022 Fiscal Year Research-status Report

Does the obesity affect the relationship between serum haptoglobin and cholesterol levels?

Research Project

Project/Area Number 20K10571
Research InstitutionKurume University

Principal Investigator

神田 芳郎  久留米大学, 医学部, 教授 (90231307)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 副島 美貴子  久留米大学, 医学部, 准教授 (80279140)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywordsハプトグロビン / コレステロール / 肥満 / 関連解析 / 蛍光融解曲線解析
Outline of Annual Research Achievements

ハプトグロビン(HP)HPに加え、隣接するHPR(HP関連遺伝子)の遺伝子多型は血中HP濃度のみならず血中コレステロール濃度と関連しており、この関連に肥満あるいは過体重が影響すること他集団の解析により示唆されたことから、日本人集団を対象とした本研究によりコレステロール代謝におけるHPの役割、肥満や過体重の影響を明らかにしたい。今年度は、多数検体(384プレートに配置されたDNA)に適し、かつ微量検体を対象とした研究に有効な方法の開発をすすめた。なお、昨年度デザインしたprobe-based fluorescence-melting-curve-analysis(プローブを利用した蛍光融解曲線解析)によるHPRに存在するrs2000999の遺伝子型判定法の有効性は遺伝子型が分かっている検体を用いた検討により確認している。この方法をベースに、rs2000999と同様血中HP濃度とコレステロール濃度の両方に強く影響し、東アジアと東南アジア諸国に分布するHP完全欠失アレル(HPdel)の接合性とrs2000999の遺伝子型判定を1度の反応で判定する方法を設計し妥当性を検証した。既に他の方法でHPdelとrs2000999の遺伝子型を決定している日本人サンプルの遺伝子型は、以前決定したものと完全に一致した。また2度実施した解析の結果が同一で、方法の再現性も確認された。1回の反応で融解曲線解析とエンドポイント法の両法を利用した遺伝子型判定の報告は現在までにないが、今回の実験系では可能であり、大規模な関連解析に有効な方法を開発することが出来た。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

使用可能なDNA量がわずかであること、前年度開発したrs2000999の遺伝子型判定法の精度が高いことから、可能であれば1度に2多型の判定を行えないかと考え、この方法をベースに、HPdelとの同時判定法を思い立ち開発に時間を要した結果、研究の遅延をきたした。さらに、他の業務による時間的制約によりエフォートの低下をきたした。

Strategy for Future Research Activity

2多型の同時解析が可能になったことから、2度の解析によるデータの信頼性を向上することが出来るようになった。最終年度では、HP遺伝子多型解析とHP濃度測定を同時並行しておこなっていくものとする。

Causes of Carryover

前述の通り、実サンプルの解析に先立ち解析法の開発をおこなったことにより計画が遅延し研究期間の延長を申請した。最終年度となるが、実サンプルの解析と関連解析をおこなう予定である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2023 2022

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Estimation of Lewis Blood Group Status by Fluorescence Melting Curve Analysis in Simultaneous Genotyping of c.385A>T and Fusion Gene in FUT2 and c.59T>G and c.314C>T in FUT32023

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Diagnostics

      Volume: 13 Pages: 931~931

    • DOI

      10.3390/diagnostics13050931

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Real-time PCR-based detection of the Alu-mediated deletion of FUT2 (se)2022

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Legal Medicine

      Volume: 54 Pages: 101986~101986

    • DOI

      10.1016/j.legalmed.2021.101986

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rapid genotyping of 508G>A (rs3745635) and 1067T>A (rs3894326) of FUT3 by a duplex Eprobe-mediated melting curve analysis.2022

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Vox Sanguinis

      Volume: 117 Pages: 741~745

    • DOI

      10.1111/vox.13251

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Simultaneous genotyping of three major Se enzyme inactivating SNPs of FUT2 based on a triplex probe-based fluorescence melting-curve analysis2022

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Clinica Chimica Acta

      Volume: 530 Pages: 50~54

    • DOI

      10.1016/j.cca.2022.03.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Detection of five common variants of ABO gene by a triplex probe-based fluorescence-melting-curve-analysis2022

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 648 Pages: 114668~114668

    • DOI

      10.1016/j.ab.2022.114668

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Duplex dual‐labeled fluorescence probe‐based melting curve and endpoint genotyping assays for genotyping of rs2000999 and haptoglobin gene deletion2022

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Electrophoresis

      Volume: 43 Pages: 2436~2439

    • DOI

      10.1002/elps.202200202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluorescence Melting Curve Analysis for Concurrent Genotyping of Three Tag SNPs in FUT32022

    • Author(s)
      Soejima Mikiko、Koda Yoshiro
    • Journal Title

      Diagnostics

      Volume: 12 Pages: 3039~3039

    • DOI

      10.3390/diagnostics12123039

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] データベースに登録された非分泌型FUT2アリルの抽出と評価2022

    • Author(s)
      副島 美貴子, 神田 芳郎
    • Organizer
      第106次日本法医学会学術全国集会
  • [Presentation] トリプレックスプローブ融解曲線解析によるABO式血液型遺伝子型判定2022

    • Author(s)
      副島 美貴子, 神田 芳郎
    • Organizer
      第72回日本法医学会学術九州地方集会
  • [Presentation] 蛍光プローブを用いた融解曲線解析とエンドポイント法によるrs2000999とハプトグロビン遺伝子欠失の同時解析法2022

    • Author(s)
      副島 美貴子, 神田 芳郎
    • Organizer
      日本DNA多型学会第31回学術集会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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