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2022 Fiscal Year Annual Research Report

グラフ構造に対する実用的な最適化・列挙アルゴリズムの理論設計と実装開発

Research Project

Project/Area Number 20K11691
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

永持 仁  京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) Shurbevski A  京都大学, 情報学研究科, 助教 (70750230) [Withdrawn]
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords離散最適化 / グラフ理論 / アルゴリズム / 整数計画法 / 動的計画法
Outline of Annual Research Achievements

情報可視化に応用を持つグラフ描画問題の研究を行い,直線描画,上向き描画を拡張した理論を構成し,その結果の一つとして,1-平面的グラフは常に上向き描画を持つことを証明した.さらに,与えられた埋め込みが1-平面的に再埋め込み可能であるための必要十分条件を求め,線形時間の判定・再埋め込みアルゴリズムを設計した.
各点に属性として幾つかのアイテムが与えられたグラフから共通アイテムの集合が極大となる点の部分集合で連結グラフを誘導するものを列挙する問題は多くの応用を持つが,これに対して多項式遅延アルゴリズムを設計した.
生物進化の系統樹の構築に応用を持つ点対比較可能グラフ(PCG)を特定するための方法を線形計画法の択一定理と整数計画法への定式化を利用することにより構築し,節点数が8であるPCGをすべて特定することに成功した.また,星型PCGについては完全なグラフ論的特徴付けと多項式時間判定法を導き出した.
学習済みの人工ニューラルネットワークを用いて,指定の物性値を有する化学グラフを設計する問題を整数線形計画問題として定式化を行い,整数計画問題を解いて得られた化学グラフの構造異性体を列挙するアルゴリズムの設計を行った.線形回帰にORの線形計画法を組み合わせた新しい学習方法として適応線形回帰(Adjustive Linear Regression)を提案し,多くの物性に対して従来の性能を大きく上回る学習結果を得た.また,木状化学グラフの列挙問題に対して分枝限定法よりも有効に働く動的計画法に基づいたアルゴリズムの設計に成功した.扱える化学グラフの対象を木構造,単環構造,二環構造,一般構造と順に拡大し,提案法の設計能力の高度化を進めることができた.

  • Research Products

    (9 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Enumeration of support-closed subsets in confluent systems2022

    • Author(s)
      Kazuya Haraguchi, Hiroshi Nagamochi
    • Journal Title

      Algorithmica

      Volume: 84 Pages: 1279-1315

    • DOI

      10.1007/s00453-022-00927-x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A new approach to the design of acyclic chemical compounds using skeleton trees and integer linear programming2022

    • Author(s)
      Fan Zhang, Jianshen Zhu, Rachaya Chiewvanichakorn, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • Journal Title

      Applied Intelligence

      Volume: 52 Pages: 17058-17072

    • DOI

      10.1007/s10489-021-03088-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] On the enumeration of minimal non-pairwise compatibility graphs2022

    • Author(s)
      Naveed Ahmed Azam, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • Journal Title

      Journal of Combinatorial Optimization

      Volume: 44 Pages: 2871-2892

    • DOI

      10.1007/s10878-021-00799-x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel method for inferring chemical compounds with prescribed topological substructures based on integer programming2022

    • Author(s)
      Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Fan Zhang, Aleksandar Shurbevski, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • Journal Title

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      Volume: 19 Pages: 3233-3245

    • DOI

      10.1109/TCBB.2021.3112598

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Adjustive linear regression and its application to the inverse QSAR2022

    • Author(s)
      Jianshen Zhu, Kazuya Haraguchi, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • Organizer
      13th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular design based on integer programming and quadratic descriptors in a two-layered model2022

    • Author(s)
      Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Shengjuan Cao, Ryota Ido, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi and Tatsuya Akutsu
    • Organizer
      The 21st International Conference on Bioinformatics
    • Int'l Joint Research
  • [Book] ケモインフォマティクスにおけるデータ解析の進め方と具体的応用法2023

    • Author(s)
      永持仁(分担執筆)
    • Total Pages
      -
    • Publisher
      技術情報協会
  • [Remarks] 京都大学情報学研究科離散数理分野ホームページ

    • URL

      https://www-or.amp.i.kyoto-u.ac.jp/index.html

  • [Remarks] 化学グラフの構造推定を行う計算プログラムのサイト

    • URL

      https://github.com/ku-dml/mol-infer

URL: 

Published: 2023-12-25  

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