2022 Fiscal Year Research-status Report
scRNA-seq analysis using PCA and TD based unsupervised feature extraction
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20K12067
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| Research Institution | Chuo University |
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Principal Investigator |
田口 善弘 中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)
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2020-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | テンソル分解 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法について複数の原著論文を刊行することができた。また以下の２つのパッケージをRのパッケージリポジトリであるBioconductorで公開した。TDbasedUFE https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TDbasedUFE.html
TDbasedUFEad https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TDbasedUFEadv.html
これらのパッケージを用いて提案手法をより簡単に使えるようになった。Bioconductorは２０年以上の歴史がある世界的に有名なパッケージリポジトリであり、ここに複数のパッケージを公開することは厳正なレビューを通過しなくてはいけないこともあり非常に有意義なことである。また、このリポジトリに収録されることで世界中から多くのアクセスが見込まれ手法が広く使われて世界に広まることが期待できる。
これらのパッケージの内容の元になった論文を複数個、年度内に出版することにも成功しており、この点からも十分な成果が上がっていると考えることが可能である。また、これらに関係する発表も多数行っておりこれもまた成果に繋がっていると考えられるので十分な成果が上がっていると考えて問題ないと考えている。今後このパッケージが広く使われることで成果が世界的な物になっていくことが期待される。これとは別にINCOB2022で研究成果を発表し、パッケージの有効性が宣伝できた。また国内の研究会などでも研究成果を発表する機会に恵まれた。以上が今年度における成果の概要である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
手法の完成度が上がったため、内容をよく理解していないユーザにも適用可能な自動的に解析可能なパッケージを公開するに至ったから。
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| Strategy for Future Research Activity |
今回作成したパッケージを用いていろいろな解析を行って論文化し、手法の宣伝に努めて普及につながるようにする。
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| Causes of Carryover |
研究成果の投稿論文が査読を終えることが出来ずに年度内に出版経費を執行できなかった
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