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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the biosynthetic pathway of terrestrial tetrodotoxin via metagenomic analysis

Research Project

Project/Area Number 20K15405
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

工藤 雄大  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (60824662)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywordsテトロドトキシン / イモリ / 生合成 / メタゲノム / 構造解析 / 質量分析
Outline of Annual Research Achievements

テトロドトキシン (TTX) はフグやイモリを含む広範な生物種に含まれる強力な神経毒である。陸上におけるTTXの生産者は不明瞭であり、自然界でどのようにしてTTXの複雑な化学構造が構築されるか、即ち生合成は謎に包まれている。本研究ではメタゲノム解析と有毒イモリの成分解析によって、陸上におけるTTXの生合成経路の解明を目指した。
TTX生合成遺伝子を探索するため、前年度に引き続きメタゲノム解析を実施した。TTX含有イモリの生息地から、TTXの生産者を含むと推測される環境サンプルを得た。環境サンプルからDNAを抽出し(環境メタゲノム)、環境メタゲノムをインサートとするFosmidを持つ大腸菌を得た(Fosmid library)。最終年度では条件を最適化することでサイズの拡張を行い、38万クローンからなるFosmid libraryが作成できた。TTXの生合成への関与が疑われる酵素を指標としたPCRスクリーニングを行い、library全てに対してスクリーニングを実施した。スクリーニングでヒットしたFosmidを次世代シーケンサーで解析することで、有毒イモリ生息地の環境メタゲノムの塩基配列情報を得た。指標とした酵素の遺伝子配列が存在することが確認できた。詳細な解析を行っており、TTX生合成遺伝子の探索へと展開させていく。
生合成経路の情報を得るため、前年度に引き続き質量分析器(MS)を用いてTTXに関連する新規化合物を有毒イモリから探索した。新規化合物を単離精製し、核磁気共鳴装置(NMR)を用いて化学構造を解析した。新たな三環性骨格を有するグアニジノ化合物2種を得た。我々の推定経路における共通前駆体に由来すると思われる構造を持ち、陸上におけるTTXの生合成経路およびシャント経路について知見を深めた。本成果を関連学会にて発表し、論文を公表した。

  • Research Products

    (22 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 6 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] ユタ州立大学/カリフォルニア大学サンディエゴ校(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ユタ州立大学/カリフォルニア大学サンディエゴ校
  • [Journal Article] First Identification of 12β-Deoxygonyautoxin 5 (12α-Gonyautoxinol 5) in the Cyanobacterium Dolichospermum circinale (TA04) and 12β-Deoxysaxitoxin (12α-Saxitoxinol) in D. circinale (TA04) and the Dinoflagellate Alexandrium pacificum (Group IV) (120518KureAC)2022

    • Author(s)
      Michiru Akamatsu, Ryosuke Hirozumi, Yuko Cho, Yuta Kudo, Keiichi Konoki, Yasukatsu Oshima, Mari Yotsu-Yamashita
    • Journal Title

      Marine Drugs

      Volume: 20 Pages: 166~166

    • DOI

      10.3390/md20030166

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of Tricyclic Guanidino Compounds from the Tetrodotoxin-Bearing Newt Taricha granulosa2021

    • Author(s)
      Yuta Kudo, Charles T. Hanifin, Mari Yotsu-Yamashita
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 23 Pages: 3513~3517

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.1c00916

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Phylogenetic Analysis of the Salinipostin γ-butyrolactone Gene Cluster Uncovers New Potential for Bacterial Signalling-molecule Diversity2021

    • Author(s)
      Kaitlin E. Creamer, Yuta Kudo, Bradley S. Moore, Paul R. Jensen
    • Journal Title

      Microbial Genomics

      Volume: 7 Pages: 000568

    • DOI

      10.1099/mgen.0.000568

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 陸上テトロドトキシンの生合成解明を目指した有毒イモリ由来の新規化合物の探索2022

    • Author(s)
      工藤 雄大, 山下 まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会 大会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] テトロドトキシン含有イモリ由来の新規三環性骨格を持つ2種のグアニジノ化合物2022

    • Author(s)
      工藤 雄大, Charles T. Hanifin, 長 由扶子, 此木 敬一, 山下 まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Structures of novel analogues and possible biosynthetic intermediates/shunts of tetrodotoxin obtained from toxic newts2022

    • Author(s)
      Yuta Kudo
    • Organizer
      Korea-Japan Joint Workshop on Biofunctional Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] フグ毒テトロドトキシンの生合成経路の推定2022

    • Author(s)
      山下 まり, 工藤 雄大, 上山 望, Charles T. Hanifin, 沼野 聡, 長 由扶子, 此木 敬一
    • Organizer
      令和4年度日本水産学会春季大会ミニシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 12β-deoxysaxitoxinの藍藻Dolichospermum circinale (TA04) および渦鞭毛藻Alexandrium pacificum (Group IV)からの同定2022

    • Author(s)
      山下 まり, 赤松 みちる, 長 由扶子, 此木 敬一, 工藤 雄大, 大島 泰克
    • Organizer
      令和4年度日本水産学会春季大会
  • [Presentation] 抗テトロドトキシンモノクローナル抗体の 主要テトロドトキシン類縁体に対する交差反応性評価2022

    • Author(s)
      八巻 慶汰, 佐藤 恭佳, 工藤 雄大, 川津 健太郎, 荒川 修, 高谷 智裕, 長 由扶子, 此木 敬一, 山下 まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 異種発現環化酵素を用いた新規カイニン酸類縁体の調製2022

    • Author(s)
      山田 基生, 前野 優香理, 小瀧 裕一, 寺田 竜太, 工藤 雄大, 長 由扶子, 此木 敬一, 山下 まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] サキシトキシンの推定生合成中間体の合成と有毒淡水産藍藻における同定2022

    • Author(s)
      袴田 真有, 東海林 千容, 長 由扶子, 安達 栞菜, 石塚 颯, 工藤 雄大, 此木 敬一, 大島 泰克, 長澤 和夫, 山下 まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Identification of new analogues and possible biosynthetic shunt products of terrestrial tetrodotoxin aimed at elucidating its biosynthesis2021

    • Author(s)
      Yuta Kudo, Charles Hanifin, Mari Yotsu-Yamashita
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 二次元NMR long range-HSQMBCを用いた構造解析の有用性の検証2021

    • Author(s)
      工藤 雄大, 海原 大輔, Charles T. Hanifin, 長 由扶子, 此木 敬一, 山下 まり
    • Organizer
      第156回 農芸化学会東北支部大会
  • [Presentation] テトロドトキシン含有サメハダイモリより得られた新規三環性骨格を有するグアニジノ化合物の構造解析2021

    • Author(s)
      工藤 雄大, Charles T. Hanifin, 長 由扶子, 此木 敬一, 山下 まり
    • Organizer
      第63回 天然有機化合物討論会
  • [Presentation] Identification of New Analogues and Putative Biosynthetic Intermediates/Shunts of Tetrodotoxin from Toxic Newts2021

    • Author(s)
      Yuta Kudo, Charles T. Hanifin, Yuko Cho, Keiichi Konoki, Mari Yotsu-Yamshita
    • Organizer
      ACS Publications Symposium: The Power of Chemical Transformations
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新規三環性骨格を有するグアニジノ化合物の構造解析2021

    • Author(s)
      工藤 雄大, Charles T. Hanifin, 山下 まり
    • Organizer
      第32 回万有仙台シンポジウム
  • [Presentation] Possible mode of action of polycavernosides, and Nav blocking activities of highly purified tetrodotoxin analogues2021

    • Author(s)
      Mari Yotsu-Yamashita, Yuka Doi, Kotaro, Iwasaki, Satori Sasaki, Yuki Kawashima, Noriko Shimada, Osamu Chiba, Kyoka Sato, Yuta Kudo, Yuko Cho, Keiichi Konoki, Makoto Sasaki
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Prediction of biosynthetic pathway towards tetrodotoxin based on the structures of its natural analogues2021

    • Author(s)
      Mari Yotsu-Yamashita, Yuta Kudo, Yuji Yaegashi, Satoshi Numano, Nozomi Ueyama, Charles Hanifin, Yuko Cho, Keiichi Konoki
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Hemiaminal type saxitoxin analogues found in the scallop, Patinopecten yessoensis2021

    • Author(s)
      Mari Yotsu-Yamashita, Satoshi Numano, Yuta Kudo, Yuko Cho, Keiichi Konoki, Yoshimasa Kaga, Kazuo Nagasawa
    • Organizer
      9th International Conference on Harmful Algae
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 工藤雄大助教『Organic Letters』誌に論文掲載

    • URL

      http://www.fris.tohoku.ac.jp/feature/topics/detail---id-911.html

  • [Remarks] 天然物生命化学分野ホームページ

    • URL

      https://www.agri.tohoku.ac.jp/bukka/index-j.html

URL: 

Published: 2022-12-28  

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