ロタウイルスの種間伝播動態の解明と農場への病原体侵入リスク指標への応用

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K15663
• Research Institution: National Institute of Infectious Diseases
• Principal Investigator: 西山 祥子 国立感染症研究所, ウイルス第一部, 主任研究官 (90817058)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: ロタウイルス / 次世代シークエンスを用いた網羅的解析 / Torque teno virus / ダニ媒介性脳炎ウイルス

Outline of Annual Research Achievements

ロタウイルスは11本の分節型遺伝子を持つ2本鎖RNAウイルスである。本研究では野生動物と家畜に感染するロタウイルスの遺伝子を解析し、その遺伝子の変化を観察することで、家畜が野生動物由来感染症に感染するリスクを評価する。今年度はロタウイルスの全ゲノム解析を効率よく行う手法を確立することとした。昨年度、ロタウイルスの感染が認められたイヌとハクビシンの糞便の上清から総RNAを抽出し、糞便に含まれる核酸をランダムプライマーにて増幅した。その後、次世代シークエンスにて全遺伝子解析を行った。現在、糞便中の遺伝子プールの中からロタウイルス遺伝子を抽出して解析中である。
さらに2頭のタヌキと2頭のキツネの糞便サンプルからTorque teno virus（TTV）を4株検出し、その全遺伝子を解析した。その結果、３種類の新規TTVを検出した。また犬科動物に感染するTTVは３つのクラスターに分かれていることを明らかにした。現在、この結果を論文にて発表する準備中である。
また、同様に野生動物における感染症流行を予測ため、北海道内で発生が認められているダニ媒介性脳炎ウイルス（TBE）の本州での流行状況をストレプタグELISAにより解析を行った。その結果、31％（16/52頭）のシカ、50％（1/2頭）のイノシシ、40％（2/5頭）のアナグマで血清学にTBE陽性となった。現在、中和試験にて確定診断を行う予定である。
このように、複数の野生動物由来感染症のリスク調査を行った。今後は、これら感染症の確定診断と家畜への感染リスクについて考察する予定である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

予想よりロタウイルスの検出率が低かった。また糞便内の遺伝子をランダム増幅するキットの販売が中止された。そのため、その代替品となるキットと複数選び、その有用性を検討した。このキットは糞便由来のサンプルを次世代シークエンスにかける際に必要である。
また、研究者の所属が変更したためセットアップに時間がかかった。

Strategy for Future Research Activity

野生動物の糞便を追加で採取し、ロタウイルスの検出を試みる。さらに次世代シークエンスを用いて網羅的に糞便内の遺伝子解析を行う手法を確立させ、ロタウイルスの遺伝子情報の蓄積を目指す。また野生動物内で流行している他の感染症についても引き続き解析を行う予定である。また野生動物に付着しているマダニを採取し、マダニ媒介感染症も同時に解析する予定である。

Causes of Carryover

上記の通り、研究計画が遅れているため予定している金額を消費しなかった。しかし、次年度から次世代シークエンス解析を定期的に行う予定である。そのため順調に使用できると考えている。