2020 Fiscal Year Research-status Report
Identification of non-coding driver mutations
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20K15780
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Research Institution | Kyushu University |
Principal Investigator |
中島 智恵 (菊竹) 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (30843833)
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Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | バイオインフォマティクス / がんゲノム / ゲノム解析 / 統計解析 / 非コード領域 |
Outline of Annual Research Achievements |
令和2年度はThe Cancer Genome Atlas (TCGA) で公開されている約1,000症例の全ゲノムデータを利用して TFBS内のある塩基に集中している点変異を探索し、がんと関連がある非コード変異の同定を行った。
本研究では、非コード領域におけるがん関連変異を探索するため、変異のホットスポット(同一塩基に生じる変異)に着目した。独立な複数のサンプルにおいてランダムに変異が生じると仮定した場合、同一箇所に変異が生じる可能性は極めて低いと考えられる。したがって、ホットスポットを含む領域は、遺伝子の発現制御をはじめとする何らかの機能を持っていると考えられる。COSMICデータベースとTCGAデータベースを用いて、非コード領域に存在する21,574のホットスポット変異を抽出した。この中から、エピゲノムデータおよびクロマチン立体構造データを用いて580のがん関連非コードホットスポット変異候補を同定した。この変異の1つは、TEAD1プロモーターと相互作用すると考えられているRREB1結合部位に位置していた。本研究により、この変異がRREB1の候補エンハンサー領域への結合を破壊し、TEAD1発現レベルを増加させる可能性があることが示唆された。 本研究の成果は2021年2月18日に「Pan-cancer analysis of non-coding recurrent mutations and their possible involvement in cancer pathogenesis」としてNAR Cancer誌にアクセプトされた。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
令和2年度~令和3年前半に実施予定の「(1)-1. 非コード領域においてTFBSの配列を壊す変異の探索」に関しては完了した。現在は「(1)-2. 非コード領域においてTFBSの配列を形成する変異の探索」についての解析を行っている。
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Strategy for Future Research Activity |
本年度中に「(1)-2. 非コード領域においてTFBSの配列を形成する変異の探索」および「(1)-3. 抽出された変異とターゲット遺伝子の発現及び患者の予後との関連について検証」についての解析を完了させる。 がんゲノム解析に関して、TCGA、ICGC、ENCODEなどに登録されているデータを使用することを計画していたが、近年急速に様々な新規データベースが利用可能となっている。そのため、研究の遂行にあたって活用できるデータベースの精査を行い、利活用を進めていく予定である。
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Causes of Carryover |
新型コロナウイルスの流行により、海外学会や国内学会が中止もしくはオンライン開催となり、これらの参加に対して計上していた旅費の使用が不要となった。
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Research Products
(3 results)