2020 Fiscal Year Research-status Report
Identification and characterization of lncRNAs involved in genetic compensation
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20K15784
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
曽 超 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 産総研特別研究員 (80822460)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | GCR / RNA degradation / Genetic compensation |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、RNA-seqデータ（RNA分解因子のノックダウンとコントロール）と遺伝子配列情報を用いて、GCR関連遺伝子ペアの予測と既知GCR関連遺伝子ペアでの検証をした。それに、初めてヒトゲノムから130ペアのGCR関連遺伝子候補の抽出ができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ヒトHeLa細胞株から130ペアのGCR関連遺伝子候補の抽出ができた。現在、GCR関連遺伝子とクロマチンの相互作用に関して調査中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
公開されたRNA-DNA相互作用データ(DRIP, DRIPc, iMARGI, REDなど)から、GCR関連遺伝子とクロマチンの直接相互作用に関して調査する。
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| Causes of Carryover |
当初、令和２年度計画では、GCR関連遺伝子ペアの検証を行うにあたり、大規模な実験データの解析を行う予定であった。しかし、研究過程で公開された実験データの取得と整理は予想以上の時間がかかるため、データ解析用の計算機購入費用を計上する。また，国内外の学会参加費も支出予定である。
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