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2022 Fiscal Year Annual Research Report

乳がん細胞における老化様エピゲノム異常がもたらす悪性化機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20K16344
Research InstitutionJapanese Foundation for Cancer Research

Principal Investigator

宮田 憲一  公益財団法人がん研究会, がん研究所 がんエピゲノムプロジェクト, 特任研究員 (20816938)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords細胞老化 / 反復配列 / SASP / 乳がん
Outline of Annual Research Achievements

申請者はこれまでに、ゲノム上の遺伝子非コード領域の反復配列のクロマチン構造が、老化細胞ではオープン(転写活性化)状態にあり、特徴的な染色体構造:ORSP(Opened Repetitive Sequence Phenotype)を呈していることを見出してきた。また、昨年度までの研究成果として、ORSPを検出及び評価できるDNA-FISH法を実施し、乳がん細胞の中でも特にER陽性型の細胞でORSPが高頻度起きていることを発見している。
そこで本年度は、ER陽性型の乳がん臨床検体のシングルセルATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)解析を行い、高頻度にORSPが起きている細胞とそうでない細胞とを、ゲノムワイドにクロマチン領域のアクセシビリティ評価を行った。通常のscATAC-seq解析パイプラインでは、ORSPの検出に対応していないため、まずは新規解析パイプラインの構築を行った。その後、この新規パイプラインを活用し、乳がん臨床検体のscATAC-seqデータについて解析を行った結果、興味深いことに、ORSPを示す乳がん細胞では細胞老化で特徴的なLCE(Late cornified envelope)遺伝子座のクロマチンアクセシビリティが著しく上昇していることを見出した。これらの結果は、ORSPを示す乳がん細胞は老化細胞とエピゲノムが類似している可能性を示唆している。

  • Research Products

    (6 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Identification of Novel Senescent Markers in Small Extracellular Vesicles2023

    • Author(s)
      Misawa Tomoka、Hitomi Kazuhiro、Miyata Kenichi、Tanaka Yoko、Fujii Risa、Chiba Masatomo、Loo Tze Mun、Hanyu Aki、Kawasaki Hiroko、Kato Hisaya、Maezawa Yoshiro、Yokote Koutaro、Nakamura Asako J.、Ueda Koji、Yaegashi Nobuo、Takahashi Akiko
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 24 Pages: 2421~2421

    • DOI

      10.3390/ijms24032421

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transcriptomic intratumor heterogeneity of breast cancer patient-derived organoids may reflect the unique biological features of the tumor of origin2023

    • Author(s)
      Saeki Sumito、Kumegawa Kohei、Takahashi Yoko、Yang Liying、Osako Tomo、Yasen Mahmut、Otsuji Kazutaka、Miyata Kenichi、Yamakawa Kaoru、Suzuka Jun、Sakimoto Yuri、Ozaki Yukinori、Takano Toshimi、Sano Takeshi、Noda Tetsuo、Ohno Shinji、Yao Ryoji、Ueno Takayuki、Maruyama Reo
    • Journal Title

      Breast Cancer Research

      Volume: 25 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s13058-023-01617-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] FOXD1 is associated with poor outcome and maintains tumor-promoting enhancer?gene programs in basal-like breast cancer2023

    • Author(s)
      Kumegawa Kohei、Yang Liying、Miyata Kenichi、Maruyama Reo
    • Journal Title

      Frontiers in Oncology

      Volume: 13 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fonc.2023.1156111

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] RNaseH2A downregulation drives inflammatory gene expression via genomic DNA fragmentation in senescent and cancer cells2022

    • Author(s)
      Sugawara Sho、Okada Ryo、Loo Tze Mun、Tanaka Hisamichi、Miyata Kenichi、Chiba Masatomo、Kawasaki Hiroko、Katoh Kaoru、Kaji Shizuo、Maezawa Yoshiro、Yokote Koutaro、Nakayama Mizuho、Oshima Masanobu、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Nagayama Satoshi、Takubo Keiyo、Nakanishi Akira、Kanemaki Masato、Hara Eiji、Takahashi Akiko
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-022-04369-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 細胞老化特異的なノンコーディングRNAによる発がん機構の解析2022

    • Author(s)
      宮田憲一、高橋暁子、丸山玲緒
    • Organizer
      日本遺伝学会 第94回大会
  • [Presentation] DRY×WET 研究で老化細胞の特徴を炙り出す2022

    • Author(s)
      宮田憲一
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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