新規マスター転写因子ＥＬＦ３による肺小細胞癌のサブタイプ化とその臨床的意義の解明

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K16440
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 堀江 真史 大阪大学, 医学系研究科, 准教授 (60732659)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: ELF3 / 肺小細胞癌 / マスター転写因子 / 個別化医療 / エピゲノム / ATAC-seq / CUT&Tag

Outline of Annual Research Achievements

本年度はCUT＆Tagアッセイの実験系の構築を行った。CUT&Tagとは、Cleavage Under Targets and Tagmentationの略で、ChIP-seqよりより簡便、高感度でシーケンスコストを抑えられる近年注目されている実験系である。肺小細胞癌細胞株・DMS53を中心とした数種類の細胞株に対して、ヒストン3種類（プロモーター：H3K4me3, エンハンサー：H3K27ac, リプレッサー：H3K27me3）のCUT&Tagアッセイを行った。pilot的に行っていたChIP-seqのデータから想定されていた通り、ELF3のゲノム領域周辺にH3K4me3とH3K27acのピークがしっかり出現していることが確認できた。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

エピゲノム解析実験系のコアとなるATAC-seqとCUT&Tagの安定した実験系の構築が完了した。

Strategy for Future Research Activity

最終年度はRNA-seqによるトランスクリプトーム、ATAC-seqとCUT&Tagアッセイによるエピゲノム解析の統合を行い、ELF3による転写制御の全貌を描出する。

Causes of Carryover

購入を予定していた物品が納期に間に合わなかったため。