頭蓋内石灰化および嚢胞を伴う白質脳症の遺伝学的病態の解明

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K16862
• Research Institution: Yokohama City University
• Principal Investigator: 岩間 一浩 横浜市立大学, 附属市民総合医療センター, 助教 (60868058)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 白質脳症

Outline of Annual Research Achievements

遺伝子解析を過去に行い、未同定となっていた症例の中で、LCC(leukoencephalopathy with calcification cyst)にあてはまる症例の探索を行った。その結果、新規にLCCと類似した症例を検出した。本症例の全エクソーム解析では、新規の病原性候補遺伝子でde novoのヘテロ接合性バリアントが検出されていた。この遺伝子は、微小管のマイナス端を安定化して，ニューロンの極性・発生を制御する機能があるタンパク質をコードする機能を有しており、神経疾患の感受性遺伝子の可能性があった。今後はGenematcherを通じて、バリアントの登録を行い、類似した表現型の患者の報告がないか、情報を集める方針である。
LCC未同定症例の全ゲノム解析データについて、BreakDancerというバイオインフォマティクスツールを用いて、欠失・挿入領域の探索を行った。BreakDancerによる欠失・挿入領域のコールは、始めは10,660ヶ所であったが、健常コントロールに見られないものは、1,311ヶ所であった。15リード以上の検出があるもの、核ゲノムに位置するもので、フィルタリングを行うと1ヶ所に絞られた。このコールについて、Integrative Genomics Viewer (IGV)を用いて目視で確認し、約1 k-bpの欠失を検出した。この欠失は、遺伝子のない領域のものであったため、Variant of unknown significance (VUS, 意義不明のバリアント)と考えられたが、全ゲノム解析データを新しいツールで解析することで、多くのコールの中から1つの確かなコールを抽出することができた。今後、同様の解析方法を調整することで、真の病原性バリアント検出につながる可能性がある。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

COVID-19の影響で、遺伝学教室に直接出入りすることが難しい時期があり、やや進捗が遅れている。

Strategy for Future Research Activity

さらにLCCと類似した症例を探索し、LCC症例グループに含めていく。また、未同定症例については、全ゲノム解析、ロングリードシーケンスなどのまだ試していない解析手法でのアプローチを行う予定。

Causes of Carryover

COVID-19の影響があり、試薬を使用するような実験操作を延期したため