The study of hepatocyte heterogeneity in chronic liver disease progression and oncogenesis

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20K17038
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 53010:Gastroenterology-related
• Research Institution: National Center for Global Health and Medicine
• Principal Investigator: Yamazoe Taiji 国立研究開発法人国立国際医療研究センター, 肝炎・免疫研究センター, 肝疾患研究部 上級研究員 (20736219)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 細胞核画像解析 / 慢性肝疾患 / 空間的遺伝子解析

Outline of Final Research Achievements

The aim of study is to reveal the relationship between the change of hepatocyte heterogeneity through liver disease progression and liver carcinogenesis. The hepatocytes shows the heterogeneity in terms of liver function and its morphology. In this study, we focused the ploidy as the DNA amount and gene expression in single cell levels. Utilized the liver resection samples, the size of nucleus in hepatocyte are measured by using the liver section with DAPI stain, and the gene expressions are measured by RNAseq. We used the VISIUM for spatial genomics and found the considerable variation in RNA quality, which makes difficult to obtain the differentially expressed genes (DEGs). This indicates the spatial genomics needs the good amount of sample size and the improvement of platform.

Free Research Field

肝疾患

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近年急速に発達しているシークエンス技術を応用したシングルセルRNAseq解析や空間的トランスクリプトーム解析により、以前は解析できなかった生理下あるいは病態下における１細胞の挙動を解析することが可能となり、次々と新しい知見が得られている。その一方で、これらの新しい技術の遂行には一定の経験が必要である。今回、遺伝子発現量解析をヒト由来試料で行うための改善点と注意点が明らかとなった。今後、解析プラットフォームも改善されており、ますます重要な解析方法となるため、解析経験と結果の共有が重要と考えられる。