Investigation of pathogen responsible for infective endocarditis and aortic aneurysm using next-generation sequencing

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K17130
• Research Institution: Tokyo Women's Medical University
• Principal Investigator: 井口 成一 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (60792794)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 感染性心内膜炎 / 感染性大動脈瘤 / 次世代シークエンサー / 病原微生物 / 感染症診断 / 薬剤耐性

Outline of Annual Research Achievements

様々な微生物による感染症診断には古典的な培養検査が欠かせない。しかし臨床的に明らかに感染性心内膜炎、感染性大動脈瘤が存在してもその起因微生物が診断できないケースは少なくない。一方で抗菌薬の選択・投与期間が変わりうるため、微生物学的診断の確定は非常に重要である。本研究は困難なことがある感染性心内膜炎および感染性大動脈瘤患者を中心とした感染症の微生物学的診断を、次世代シークエンサーによる無菌検体の網羅的解析で明らかにしようとするものである。
現時点で検体は2014年から2022年にかけての271症例分が収集できた（今後も症例集積は継続予定）。症例の診断内訳は現時点判明分で、感染性心内膜炎 96例（自己弁心内膜炎 50例＋人工弁心内膜炎 44例＋デバイス関連心内膜炎2例）、大動脈グラフト感染 38例、感染性大動脈瘤 11例（梅毒1例）などであった。培養陽性例は現時点判明分で62例であり、ブドウ球菌属23例（黄色ブドウ球菌14例＋コアグラーゼ陰性ブドウ球菌9例）、レンサ球菌属36例などであった。現在これら収集症例検体について構築したパイプラインによる解析が進行中である。
起因微生物診断がつく症例がどの程度存在するか、その診断は蓋然性があるか、治療への介入が可能かといった点や、従来的な診断手法である培養・感受性検査、16Sおよび18S rRNAのPCRによる診断結果と対比した検査特性、未知の病原微生物の発見、薬剤耐性や病原性の推定などについて明らかにしていきたいと考えている。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

COVID-19による社会情勢の劇的な変化、また研究代表者自身が直接関与する業務に携わっていることから、昨年度より本研究推進に支障が生じた。本年度より業務調整を行いこの状態は改善されたが、昨年度の遅れを取り戻すところまでは至っていない。

Strategy for Future Research Activity

COVID-19による社会情勢の劇的な変化、また研究代表者自身が直接関与する業務に携わっているため昨年度からの研究遅延の影響が残っている。業務負担割合の調整で改善しつつあるが、引き続き本研究推進へ支障がない環境を構築していく。

Causes of Carryover

COVID-19による社会情勢の劇的な変化、また研究代表者自身が直接関与する業務に携わっているため昨年度からの研究遅延の影響が残っている。業務負担割合の調整で改善しつつあるが、引き続き本研究推進へ支障がない環境を構築していく。
上記により本年度購入予定であった消耗品等の購入を次年度に行う予定である。