次世代シークエンサーを用いた鼻腔内混合感染の実態調査および重症化リスクの検証

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20K17196
• Research Institution: Okayama University
• Principal Investigator: 大野 歩 岡山大学, 医歯薬学域, 特任助教 (30718549)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 鼻腔内混合感染 / 次世代シークエンサー / 細菌 / ウイルス / 呼吸器感染症

Outline of Annual Research Achievements

鼻腔は多くの呼吸器感染症の原因となる各種病原微生物が侵入・定着する場所である。そのことから、呼吸器感染症の予防および治療には鼻腔の細菌叢を効果的に制御することが重要であることがすでに報告されている。本研究では、2017年に開発された感染症診断用のポータブル型ゲノム解析システムを基盤とし、ナノポアDNAシークエンサーによる鼻腔内の細菌叢および呼吸器ウイルスを網羅的に検出可能な技術の開発を目的の一つとして挙げている。2021年度では課題2として設定した「呼吸器ウイルスの検出技術の確立」について、3種のRNAウイルス(RSウイルス、ライノウイルス、パラインフルエンザウイルス)を購入し、検討した。ゲノム抽出法および次世代シークエンサー解析用のライブラリ調製方法の検討の結果、網羅的に検出可能であることが示唆された。また検出効率の低いウイルスの存在が懸念されるものの、サンプル中のウイルスゲノムが少量であっても、PCR増幅せずに検出可能な方法であることが期待された。このことから、見出した方法を用いて呼吸器感染症患者から採取された鼻腔ぬぐい液18例からの細菌およびウイルスの検出を試みた。その結果、細菌検出では慢性副鼻腔炎との関連が報告されているPeptoniphilus lacydonensisが検出し、本研究の症例との関連性を検討している。また、ウイルス検出では、多数のウイルスが検出されたものの、残念ながら本研究の症例との関連性が疑われるウイルスは検出されなかった。今後は症例数を増やし検討を進める予定である。