2023 Fiscal Year Annual Research Report
大腸がんの発がんリスクに関わるHLAアリルの同定と術後化学療法応答性との関連
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20K17668
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| Research Institution | Showa University |
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Principal Investigator |
高柳 大輔 昭和大学, 大学共同利用機関等の部局等, 兼任講師 (40595633)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | HLA / 大腸がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
全ゲノムの遺伝子型データが148,079人から分析され、MHC領域の55,225個のSNPを調べました。これらのデータは、Illumina Human Omni-Express v1、Human OmniExpressExome v1.0、またはHuman OmniExpressExome v1.2 BeadChipsを使用して、全ゲノムSNPチップ分析を通じて収集された血液DNAサンプルから得られています。データはバイオバンクジャパン（BBJ）データベースから取得されました。分析に含まれた148,049人のうち、6,854人が大腸癌症例、141,225人が対照群。日本人（n=91）、中国人（n=190）、ヨーロッパ人（n=280）、アフリカ人（n=550）の1,000 Genomes Project SNPデータを使用して、BBJの対象者の55,225個のSNPの主成分分析が行われました。SNP2HLAと日本のHLAリファレンスパネルを使用して、MHC領域をカバーする遺伝子型データから研究対象者のHLAアレルを推定しました。これにより、4桁の古典的なクラスI（HLA-A、B、C）およびクラスII（HLA-DRB1、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1）HLAアレルが同定されました。各HLAアレルと大腸癌に対するケース/コントロールデータのカイ二乗検定およびロジスティック関連分析が、PLINKプログラム（バージョン1.07）を使用して実施されました。年齢、性別、および上位5つの主成分スコアが共変量として使用し、多重検定を考慮してボンフェローニ補正を適用し、147のHLAクラスI/IIアレルを対象としました。P<3.4×10^-4を有意としました。各HLAアレルと大腸がん発癌リスクとの統計学的な関連は認めなかった。
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