神経線維腫症2型(NF2)における遺伝子診断法の確立

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K17954
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 寺西 裕 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (50844635)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 神経線維腫症2型 / 遺伝子診断 / Long read sequence / Whole genome sequence

Outline of Annual Research Achievements

神経線維腫症2型(Neurofibromatosis type 2:NF2)はNF2 germline mutationにより脳腫瘍が多発し、根治治療法が無い遺伝性疾患である。実臨床ではNF2と臨床診断されるが、NF2 germline mutationが検出されない患者が5割存在することが知られている。現在の診断基準は臨床診断であり、遺伝子診断は確立されていない。我々は本邦初のNF2に対する遺伝子解析研究を行い、NF2 germline mutationが検出されないNF2症例の多くはNF2低頻度体細胞モザイクであること、またその臨床的特徴を明らかにした。本研究の目的はNF2患者におけるNF2遺伝子変異を正確に検出する方法を明らかにし、NF2の遺伝子診断法を確立することである。
Discovery study: Intron variantの検出:施行期間: 2020年4月～2021月9月
対象:これまでの解析でNF2と診断されるにも関わらずNF2 germline mutationが検出されず、かつ体細胞モザイクでもない患者の末梢血DNA計10検体を予定。
1)Whole genome sequence :現在Pac Bio sequel/sequel2によるlong read sequenceを全ゲノム領域で行う方針となり、現在検体を準備中である。2021年度6月末までにはシークエンスは開始予定、9月までにデータ解析終了を予定している。
2) RNA seq:NF2患者の合併腫瘍からのRNA抽出はすでに約50検体で終了している。その内16検体のRNA seqは終了、データ解析も終了している。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

Whole genome sequenceを当初予定していたが、より正確なintron variantおよびstructural variantの探索が必要であることを見越し、Pac Bio sequel/sequel2によるlong read sequenceを全ゲノム領域で行う方針となった。現在検体を準備中である。2021年度6月末までにはシークエンスは開始予定、9月までにデータ解析終了を予定している。

Strategy for Future Research Activity

現在Pac Bio sequel/sequel2によるlong read sequenceを全ゲノム領域で行う方針となり、現在検体を準備中である。2021年度6月末までにはシークエンスは開始予定、9月までにデータ解析終了を予定している。

Causes of Carryover

コロナの影響もあり、実験計画が遅れいている。また解析方法の若干の変更もあり、次年度使用額が生じている。

Research Products

• [Journal Article] Targeted deep sequencing of DNA from multiple tissue types improves the diagnostic rate and reveals a highly diverse phenotype of mosaic neurofibromatosis type 2 (2021)
  • Author(s): Yu Teranishi, Satoru Miyawaki, Hiroki Hongo, Shogo Dofuku, Atsushi Okano, Shunsaku Takayanagi, Takahiro Ota, Jun Yoshimura, Wei Qu, Jun Mitsui, Hirofumi Nakatomi, Shinichi Morishita, Shoji Tsuji, Nobuhito Saito
  • Journal Title: Journal of Medical Genetics Volume: 58(10) Pages: 701-711
  • DOI: 10.1136/jmedgenet-2020-106973
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Characteristics of Mosaic Neurofibromatosis type 2 Revealed by Deep Sequence for Multiple Tissue DNA (2020)
  • Author(s): Yu Teranishi, Satoru Miyawaki, Hiroki Hongo, Shogo Dofuku, Atsushi Okano, Shunsaku Takayanagi, Takahiro Ota, Jun Yoshimura, Wei Qu, Jun Mitsui, Hirofumi Nakatomi, Shinichi Morishita, Shoji Tsuji, Nobuhito Saito
  • Organizer: 2020 Europiean NF Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 網羅的遺伝子解析によって明らかになった神経線維腫症2型(NF2)の多様な臨床的・遺伝的背景 (2020)
  • Author(s): 寺西裕、宮脇哲、小原健太、本郷博貴、堂福翔吾、高柳俊作、中冨浩文、齊藤延人
  • Organizer: 遺伝子性腫瘍学会
• [Presentation] 神経線維腫症2型(NF2)の遺伝子解析によって明らかになった多様な臨床的・遺伝的背景 (2020)
  • Author(s): 寺西裕、宮脇哲、石神大一郎、小原健太、本郷博貴、堂福翔吾、高柳俊作、中冨浩文、齊藤延人
  • Organizer: 脳神経学会総会
• [Presentation] 複数組織DNAに対するtarget deep sequenceによって明らかになった神経線維腫症2型(NF2)の多様な臨床的・遺伝的背景 (2020)
  • Author(s): 寺西裕、宮脇哲、石神大一郎、小原健太、本郷博貴、堂福翔吾、高柳俊作、中冨浩文、齊藤延人
  • Organizer: 聴神経腫瘍研究会
• [Presentation] 神経線維腫症2型(NF2)の遺伝子解析によって明らかになった多様な臨床的・遺伝的背景 (2020)
  • Author(s): 寺西裕、宮脇哲、石神大一郎、小原健太、本郷博貴、堂福翔吾、高柳俊作、中冨浩文、齊藤延人
  • Organizer: 脳腫瘍の外科学会