2020 Fiscal Year Research-status Report
ocular surfaceの安定化に関わるマイクロバイオームのメタゲノム解析
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20K18342
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
浅尾 和伸 大阪大学, 医学系研究科, 特任助教(常勤) (80866533)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | バイオーム / 細菌叢 / 真菌叢 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シーケンサーを用いて、多数の眼表面疾患におけるマイクロバイオームを解析することで、結膜環境安定化に働くマイクロバイオームないし作用因子同定を目的とする。そのため、まずは多疾患患者からのサンプル採取が必須となる。
そのために眼表面疾患を対象とし、外来並びに手術中に、臨床サンプルを採取を行い、各種疾患における細菌、真菌叢の同定を進めた。今回採取を行った対象は、細菌性角結膜炎、眼内炎などの眼感染疾患、サルコイドーシス、ベーチェット病などの自己免疫疾患、アレルギー性結膜炎、春季カタルなどのアレルギー疾患、円錐角膜、翼状片などの角膜疾患などである。
これまで、眼疾患でも硝子体中の細菌叢自体は、まだ十分な検討がなされておらず、健常硝子体サンプル採取が難しいため、硝子体に関しては、採取自体を目標として、検討を開始した。対象疾患として、特発性黄斑上膜、黄斑円孔、網膜剥離など発症に感染起因が報告されていない疾患をベースとして採取を行い、硝子体での感染疾患として眼内炎患者からの採取を行った。可能な限り、眼表面からの採取に加え、付随して変化する周囲マイクロバイオームの同定を行うため、各部位からの採取も同時に施行した。
上記採取サンプルより、DNA抽出後、次世代シーケンサーを用いて、細菌叢、真菌叢の両方の菌叢の同定、解析を開始している。同定できた細菌叢、真菌叢を用い、種の相同性を考慮した解析プログラムを用いて、比較解析中である。なお、症例数を増やしデータ蓄積が必要であるため、引き続き継続してサンプル採取を継続中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
外来並びに手術において、研究対象となる臨床サンプルの採取を行い、次世代シーケンサーを用いて各種疾患における細菌、真菌叢の同定を継続して行っている。既にサンプル採取を終えたサルコイドーシス２０人に加え、新規に受診された患者よりサンプル回収を継続して行った。眼感染症疾患では、眼内炎患者における硝子体中のサンプルの採取、ヘルペスウイルス、サイトメガロウイルスなどとの混感染が疑われるサンプルなど合計１５人よりサンプル採取を行った。眼表面からは、アレルギー性結膜炎、翼状片患者よりサンプル採取を行っている。また、眼科臨床では角膜疾患に対し、コンタクトレンズ装用患者が多い。そのコンタクト装用に伴う変化を確認するため、コンタクト装用者より同様にサンプル採取を行った。
上記、サンプルよりDNA抽出、次世代シーケンサーを用い、細菌叢、真菌叢の同定並びに特性解析を行い、データの集約を行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
結膜における細菌叢、真菌叢のデータを集約するため、多数の疾患からのサンプル採取が大切となる。引き続き多数の疾患よりサンプル採取を行い、マイクロバイオームデータを集約し、結膜安定化に寄与する細菌叢の同定を続けていく。サンプル採取時に、結膜擦過だけでなく、涙液、血液などを採取し、治療指標となるサイトカインの同定を続けていく。特に、菌叢と疾患との関連を推し図る上で、細菌叢、真菌叢の代謝物が結膜環境に影響を及ぼすと考えられるため、メタボローム解析なども検討している。
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| Causes of Carryover |
コロナのため、対象疾患の患者の受診が減少しており、サンプル採取が十分にできていないため。また、本研究に必要な情報を集めるための学会に参加できないため、その費用負担がなくなったため
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