2021 Fiscal Year Research-status Report
Investigation of transcriptional activity of microbiota for causing peri-implantitis
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20K18567
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| Research Institution | Nihon University |
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Principal Investigator |
渡辺 孝康 日本大学, 歯学部, 助教 (70725514)
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2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | インプラント周囲炎 / 細菌叢 / メタトランスクリプトーム / 機械学習 / ディープラーニング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度に行った実験条件の検討および機械学習の適用を受けて、本年度はインプラント体を埋入する予定である患者から、インプラント周囲の細菌叢検体を時系列的に採取する作業を本格的に行った。現在までに4名からの時系列的な検体採取を終えており、翌年度にはさらに検体数を更新できるよう予定している。これらの検体につき、条件検討の結果を踏まえて各種条件を設定した上で、細菌RNAの抽出、混入核酸の除去、高速シーケンサーライブラリ調製を行い、高速シーケンサーにて塩基配列情報を取得した。この結果、調製されたライブラリは量的・質的いずれにおいても良好な品質にて得られたことが確認された。また、この一連の過程を経ることによって、解析に耐えうるデータサイズが確保され、データもまた量的・質的いずれにおいても良好な品質にて得られることが確認された。次いで、公的データベースの中から本研究の塩基配列データの組成を推定する上で適切と考えられるものを選定し、それらに対して検索を行う情報解析の過程において、塩基配列の精度にも問題がないことが確認された。一方、機械学習の適用に関しては、公共データベースにおけるデータを用いた条件検討によって、検体の属性が明確であれば属性の識別に利用され得ることが示唆されたため、今後のデータ解析に適用する際の方向性を決定する上で重要な基礎データとなった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度時点で、当初に計画していた予定を下回る数の検体の採取にとどまっていたが、今年度もコロナ禍に起因する来院動向の変化等もあり、安定多数の検体採取は依然として困難な状況であった。しかし、実績の概要に示した通り、採取した検体を実験操作で処理する過程、ならびに塩基配列データを取得して計算解析を行う過程、そのいずれにおいても条件検討が円滑に進んだことから、3年間の研究計画における2年次の進捗としてはおおむね順調と考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
コロナ禍の動向にも左右されるが、現在の来院状況が継続的に見込まれるようであれば、次年度中に十分な数の検体が採取できると考えられる。このため、次年度においても、今年度に引き続き検体の採取を行うが、できるだけ早期の採取となるよう努める。その際、既に実施した実験条件の検討やデータ解析条件の検討内容を活用することによって、検体数が増加した際にも特段の支障なしに円滑な解析を実施できるものと考えられる。以上のことから、最終年次として一定の研究成果が得られることが期待されうる。また、本研究によって得られた成果に関しては、学会発表や論文投稿といった形での成果発表となるよう、準備を進める。
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| Causes of Carryover |
コロナ禍における学会発表のオンライン化に伴い旅費の支出がなかったこと、および実験にかかる試薬類の購入や解析に用いる計算機アカウント利用料の一部を他の財源から拠出したことにより、残金が生じた。次年度への繰越金は、令和4年度の助成金と合わせて、実験にかかる試薬類の購入、学会発表にかかる費用、論文掲載料に充当する予定である。
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Research Products
(5 results)
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[Book] The Oral Microbiome2021
Author(s)
Gopinath D, Menon RK, Hussein H, Tansirichaiya S, Reynolds LJ, Roberts AP, Kabwe M, Brown T, Ku H, Dashper S, Tucci J, Adami GR, Ang MJ, Kim EM, Marotz C, Zuniga C, Zaramela L, Knight R, Zengler K, Moore NE, Weyrich LS, Speicher DJ, Nasir JA, Zhou P, Anderson DE, Goh CE, Bohn B, Demmer RT, Watanabe T et al.
Total Pages
295
Publisher
Springer
