Development of a highly sensitive sex determination method using the novel primer set

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K18803
• Research Institution: University of Yamanashi
• Principal Investigator: 藤本 佳那 山梨大学, 医学部附属病院, 医員 (30866489)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 性別判定 / Amelogenin / DNA / Exon

Outline of Annual Research Achievements

法医歯学領域において、日常取り扱うDNA試料は環境要因や微生物の影響をうけ容易に分解されるため、微量なDNAから正確に判定を行うことが求められている。
従来の性別判定の報告は、その多くがアメロゲニン遺伝子のIntron領域の男女差を利用しているが、Intron領域は時に欠失することが報告されており、時に正確な判定が行うことが出来なかった。
DNA鑑定による性別判定を確実なものとするためには、男女差以外の多型が可能な限り少ない座位を用いる必要がある。Exon-1領域は56塩基中13塩基に男女差が認められており、保存性の高さと男女差の大きさを兼ね備えることから、Exon-1領域を選定した。
従来の方法では、PCR産物の鎖長がやや長く、約70～100 bpであることから、PCR産物の鎖長を従来の方法より短く設計することで高度に断片化したDNAを解析できると考え、新規プライマーを設計した。
本法は高度断片化試料についても適用可能、かつ手技が簡便で迅速、安価であり、法医学及び自然人類学に貢献できると考える。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究は、従来発表されているものより誤判定が少なく、高感度の性別判定システムを開発し、確立することを目的としている。現在までに、プライマーの改良を重ね、PCR産物の鎖長をAMEL-Xでは48 bp、AMEL-Yでは45 bpに設計した。市販されている性別判定キットではPCR産物の鎖長が70～100 bpであることから、短く設計することによって、古人骨試料の様に高度に断片化したDNAについてもより高い確率で正確な性別判定が可能になった。

Strategy for Future Research Activity

反応系の電気泳動法による有効性が実証されたら、現在広く法医DNA型鑑定に用いられている個人識別判定キット等を用いて、検出感度の比較検討を行っていく。

Causes of Carryover

コロナ禍にて参加学会の中止やオンライン開催によって旅費が減少した。
また、海外からのチップや試薬などの消耗品の輸入が遅れたことが原因となっている。
今後の使用計画として、申請者所属の研究室に設備備品としてインキュベータ等を購入する予定である。