全ゲノム情報から新興病原細菌-アルジェンテウス菌の病原性ポテンシャルを評価する

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K18927
• Research Institution: Osaka Institute of Public Health
• Principal Investigator: 若林 友騎 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 研究員 (70783835)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: Staphylococcus argenteus / 全ゲノム解析

Outline of Annual Research Achievements

Staphylococcus argenteusは2015年に新種登録された新興病原細菌であり、皮膚軟部組織感染症や敗血症の起因菌である。臨床検体由来株の解析は国内外で相次いで報告されている一方で、食品や健康人手指といった非臨床検体由来株の解析は進んでいない。本研究では、保有する食品・健康人手指・環境由来株の全ゲノム配列を解読し、ゲノム情報から本菌の病原性の評価を試みる。
国内で分離したStaphylococcus argenteusについて、次世代シーケンサーMiSeqあるいはiSeq100を使用して全ゲノム配列を解読した。令和2年度は68株の全ゲノム配列を決定した。A5-miseq pipelineを用いてde novo assembleを実施し、平均のtotal contig length 2.76 Mbのcontig配列を得た。コアゲノム上のSingle Nucleotide Variantに基づく系統解析を実施したところ、68株は5つの系統に型別され、臨床検体から高い頻度で分離されるSequence Type（ST）2250も含まれていた。また、Virulence factor database（VFDB）を元に作成した病原因子遺伝子のin-houseデータベースに対してblast検索を実施し、病原因子遺伝子の保有状況を調査したところ、定着因子や溶血毒素など多くの病原因子遺伝子が検出された。一方で、Exfoliative toxin（ET; 表皮剥離毒素）、Panton-Valentine Leukocidin（PVL）、Toxic-shock syndrome toxin（TSST）はいずれの菌株からも検出されなかった。食中毒の原因物質であるブドウ球菌エンテロトキシン遺伝子を保有する株が複数検出された。特にB型エンテロトキシンはSTの異なる複数の菌株から検出された。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画当初に76株の全ゲノム配列決定を予定しており、令和2年度は68株の全ゲノム配列を解読した。令和2年度に新たに分離した菌株についても、追加で解析する予定であるが、当初の計画通り令和3年度中にすべての菌株の全ゲノム配列を決定できる見込みである。

Strategy for Future Research Activity

当初の計画通り、令和3年度中に保有するS. argenteus株の全ゲノム配列を決定し、ゲノム情報から本菌の病原性について評価を行う。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染症拡大の影響で、参加予定としていた学会等が中止となったため、旅費等の支出がなかった。次年度の学会参加費あるいは学会開催がなければ研究遂行のための消耗品費に使用する。