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2021 Fiscal Year Research-status Report

かたちとやわらかさの織り成すセルフアセンブリシステムの研究

Research Project

Project/Area Number 20K20979
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

村田 智  東北大学, 工学研究科, 教授 (10334533)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Keywordsセルフアセンブリ / かたち / やわらかさ / メゾスケール / 分子モジュール
Outline of Annual Research Achievements

本研究では,かたち・結合性・やわらかさを自在に設定することができるモジュールを開発し,様々な条件下でアセンブリ実験を行うことによりセルフアセンブリの普遍的設計原理を探ることを目的としている.
2年目となるR3年度は,これまでの実験で剛性不足が問題となっていた7角形の柔軟閉リンク構造の断面形状をより接地面積が大きくなるように再設計し,あらためてセルフアセンブリ条件の最適化を行った.その結果,モジュール単体は高い収率で得られることが分かった.このモジュールを平面基板上で集合させるため,脂質2重膜をマイカ基板上に張ったものを試みたが,よい結果が得られたなかったため,マイカ基板上での自己集合をさせることにした.マイカ基板とDNAの吸着力を調整するためにマグネシウム塩およびナトリウム塩をさまざまな濃度で含むバッファー溶液を試みたが,こちらも自己集合が起こる条件を見出すことができなかった.
そこで,これまでの7角形モジュールとは別に,4角形モジュールをあらかじめ9個格子状に集合させたDNAオリガミ構造体を設計した.この構造ではモジュールごとの4通りの形状変化(非拘束,右に変形,左に変形,中立(直角))を外部から加えたDNAストランドによる鎖置換反応を用いて制御でき,さらにモジュール間の連結を通して格子構造全体の形状を間接的に制御することができる.このモジュールを用いた予備実験により,幾何学的な拘束条件によりできやすい形状とできにくい形状があることが判明した.また,形状の変化を定量的に評価する方法についても検討をはじめた.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

7角形モジュールによる自己集合実験は大規模な集積が困難であることがわかりつつある.一方,4角形モジュールの集合体を作る方法を試みたところ,形状制御実験に成功し,定量的評価までの見通しができた.

Strategy for Future Research Activity

7角形モジュールから4角形モジュールに研究の重点を移し,形状制御能力の定量的な評価を進めていく.

  • Research Products

    (3 results)

All 2021

All Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Presentation] Reconfigurable DNA Nanolattice Driven by DNA Signals2021

    • Author(s)
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki, Satoshi Murata
    • Organizer
      Intl Conf. on DNA Computing and Molecular Programming (DNA27)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 分子入力により多様に変形する格子状DNAオリガミ構造の設計と構築2021

    • Author(s)
      渡部光太郎,川又生吹,鈴木勇輝,村田智
    • Organizer
      第5回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] Construction of Reconfigurable DNA Nanolattice Responding to Signal DNAs2021

    • Author(s)
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki, Satoshi Murata
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-12-28  

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