• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2020 Fiscal Year Research-status Report

細胞内結晶化による標的タンパク質融合結晶の迅速構造解析

Research Project

Project/Area Number 20K21244
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

上野 隆史  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2022-03-31
Keywordsタンパク質結晶構造解析 / 細胞内タンパク質結晶 / 多孔性材料
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質の高分解能構造の決定は、生命現象の理解から医薬応用まで様々な分野で渇望されており、従来主流となっていたX線結晶構造解析に加え、Cryo-TEMやX線自由電子レーザー、in cell NMR等の構造解析手法が開発されてきた。しかしながら、共通する大きな課題としてタンパク質の単離・精製が依然として解決されていない。本研究では、直径数nmの細孔を内部に有するタンパク質結晶(多孔性タンパク質結晶)に着目し、標的タンパク質を融合した標的タンパク質融合多孔性タンパク質結晶を細胞内で合成する。将来的には、大型放射施設の微結晶ビームラインによる自動結晶構造解析につなげる。本研究では単独では構造決定が困難な標的タンパク質を遺伝子的に融合した多孔性タンパク質複合結晶を細胞内結晶化により合成し、標的タンパク質の高分解能構造決定の実現に挑む。現在 (1) 多孔性タンパク質結晶の細胞内結晶化と最適化、(2) 迅速構造解析に向けた大腸菌を用いる標的タンパク質融合多孔性タンパク質結晶合成手法を確立している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

多孔性タンパク質結晶の細胞内結晶化と最適化を達成できた。具体的には、鋳型となるタンパク質結晶の選定が重要な鍵を握る。そこで、クライトキシン(Cry)結晶に着目した。Cry結晶は、殺虫タンパク質前駆体として細胞内で形成される。様々な種類のCry結晶は形状の異なる5nmほどの細孔空間を有することが知られており、それらのエンジニアリングを達成したため。

Strategy for Future Research Activity

標的タンパク質を融合した多孔性タンパク質複合結晶の細胞内合成と構造解析
構造既知のタンパク質の融合により本手法の妥当性を評価するために、医薬ターゲットとして重要な数十残基からなるペプチドを標的とし、これまで困難とされている単量体やオリゴマー構造を結晶内に形成する。タンパク質ータンパク質相互作用の例として既知の複合体の細胞内結晶化もすすめる。

Causes of Carryover

理由)zoomによる学会への参加やセミナー開催により、旅費、謝金などを節約できたため。
使用計画)結晶化調製の物品費として使用する。

  • Research Products

    (26 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (19 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results) (of which Overseas: 2 results)

  • [Journal Article] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021

    • Author(s)
      Abe Satoshi、Pham Thuc Toan、Negishi Hashiru、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1002/anie.202102039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Versatile Manipulations of Self-Assembled Proteins in Vaccine Design2021

    • Author(s)
      Nguyen Que Dan、Kikuchi Kosuke、Maity Basudev、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 1934~1934

    • DOI

      10.3390/ijms22041934

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In-Cell Engineering of Protein Crystals with Nanoporous Structures for Promoting Cascade Reactions2021

    • Author(s)
      Nguyen Tien K.、Abe Satoshi、Kasamatsu Makoto、Maity Basudev、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Kojima Mariko、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      ACS Applied Nano Materials

      Volume: 4 Pages: 1672~1681

    • DOI

      10.1021/acsanm.0c03129

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-molecule level dynamic observation of disassembly of the apo-ferritin cage in solution2020

    • Author(s)
      Maity Basudev、Li Zhipeng、Niwase Kento、Ganser Christian、Furuta Tadaomi、Uchihashi Takayuki、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 22 Pages: 18562~18572

    • DOI

      10.1039/D0CP02069A

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] β-ヘリックス人工分子針の動的集合設計2021

    • Author(s)
      菊池幸祐, 福山達也, Maity Basudev, 古田忠臣, 前多裕介, 内橋貴之, 上野隆史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
  • [Presentation] タンパク質ケージ内における芳香族分子集積と反応制御2021

    • Author(s)
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      日本化学会第101回春季年会
  • [Presentation] Energy Analysis of Miniprotein by in Vivo Protein Crystallization2021

    • Author(s)
      小島 摩利子, 菱川 湧輝, 安部 聡, 古田 忠臣, Tran Phuoc Duy, 北尾 彰朗, 上野 隆史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
  • [Presentation] Design of the two-dimensional protein assembly patterns by β-helical protein needle2020

    • Author(s)
      菊池 幸祐, 上野 隆史
    • Organizer
      第69回高分子討論会
  • [Presentation] 無細胞タンパク質合成による微小結晶構造解析2020

    • Author(s)
      小島摩利子, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
  • [Presentation] タンパク質ケージを利用した芳香族クラスターの構築と外来分子内包2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      発動分子科学第5回領域会議
  • [Presentation] Construction of Fibril Protein Assemblies From Engineered Protein Crystals2020

    • Author(s)
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • Organizer
      69th Symposium on Macromolecules
  • [Presentation] Construction of Filament Protein Assembly From Autonomous Cross-Linked Crystals2020

    • Author(s)
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • Organizer
      14th Bio-related Chemistry Symposium
  • [Presentation] タンパク質結晶工学による新機能材料2020

    • Author(s)
      上野隆史
    • Organizer
      第28回ポリマー材料フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] GPCR 内包を目指したタンパク質ハイブリッド結晶の構築2020

    • Author(s)
      田中潤子, 安部聡, 長田俊哉, 上野隆史
    • Organizer
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
  • [Presentation] Molecular design of protein needle for norovirus vaccine2020

    • Author(s)
      Nguyen Dan Que, 上野 隆史
    • Organizer
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
  • [Presentation] Protein Crystals for Designing Multiple Nanofunctions2020

    • Author(s)
      上野 隆史
    • Organizer
      The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内タンパク質結晶化の最適化と迅速構造解析2020

    • Author(s)
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • Organizer
      第14回バイオ関連シンポジウム
  • [Presentation] フェリチンケージのサブユニット界面を利用した多核金結合サイトの構築2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • Organizer
      第70回錯体化学会討論会
  • [Presentation] タンパク質ケージの内部空間設計による芳香族クラスターの構築2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] In vivo Protein Crystal Engineering for Structure Analysis of Meta-stable State Mini-protein2020

    • Author(s)
      小島 摩利子, 安部 聡, 上野 隆史
    • Organizer
      第69回高分子討論会
  • [Presentation] タンパク質の迅速結晶化とサブミクロン結晶の構造解析2020

    • Author(s)
      安部 聡, 小島摩利子, 上野隆史
    • Organizer
      第69回高分子討論会
  • [Presentation] かご状タンパク質フェリチンのサブユニット界面における金集積機構の解明2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • Organizer
      第69回高分子学会年次大会
  • [Presentation] タンパク質の細胞内迅速・微量結晶化と構造解析2020

    • Author(s)
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • Organizer
      第69回高分子学会年次大会
  • [Remarks] Ueno Lab

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/index.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質結晶の製造方法及び結晶構造解析方法2021

    • Inventor(s)
      上野 隆史/安部 聡/小島
    • Industrial Property Rights Holder
      上野 隆史/安部 聡/小島
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2021/006607
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質固体材料の製造2020

    • Inventor(s)
      上野 隆史/安部 聡/小島 摩利子
    • Industrial Property Rights Holder
      上野 隆史/安部 聡/小島 摩利子
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2020/030226
    • Overseas

URL: 

Published: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi