2020 Fiscal Year Research-status Report
魚類の成長ステージを把握する環境RNA手法の開発：ニホンウナギをモデルとして
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20K21335
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| Research Institution | Shimane University |
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Principal Investigator |
高原 輝彦 島根大学, 学術研究院農生命科学系, 准教授 (10536048)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
土居 秀幸 兵庫県立大学, 情報科学研究科, 准教授 (80608505)
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| Project Period (FY) |
2020-07-30 – 2023-03-31
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| Keywords | 環境RNA / 環境DNA / ニホンウナギ / 変態 / 黄ウナギ / 銀ウナギ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
水産資源において、成長ステージごとにおける生物量（バイオマス）の評価は、漁獲制限などを通じた資源量をコントロールする上で非常に重要である。本研究では、ミトコンドリアDNA全ゲノムが解読されている重要水産資源のニホンウナギ（Anguilla japonica）をモデルケースにして、野外調査では水1Lほどを採取するだけで、簡便に生物量を推定できる “環境DNA手法”を発展させて、異なる成長ステージのニホンウナギを区別・定量できる“環境RNA手法”を開発する。そして、開発した“環境RNA手法”を用いて、日本海河川や宍道湖などを対象にして、本種の回遊生態の実態の一端を解明することを試みる。
そこで今年度は、黄ウナギ（河川生活期で色が黄ばんでみえるステージの個体）と銀ウナギ（下りウナギ：海洋生活期で銀色にみえるステージの個体）を区別できる定量PCR用プライマー・プローブの開発を進めた。その際に、先行研究を参考にして、黄ウナギでは発現がほぼ見られず、銀ウナギでのみ発現量が多いと考えられるmRNAの候補を探索した後、候補となったmRNAの塩基配列情報の詳細を目視確認などを行い検討を進めた。次に、プライマー作成ソフトPrimerExpressによって良好なプライマー・プローブの候補配列を得ることができた。今後は、このプライマー・。プローブ候補の有用性について、まずは組織抽出RNAサンプルを用いて検討し、つぎに、水槽実験等の水サンプルを用いて検証する。さらに、宍道湖における調査地点7サイトにおいて、すでに約1年半分の環境RNAサンプルも蓄積していることから、今後、完成させたプライマー・プローブを用いて、適宜、野外検証を実施していく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究費の使用開始の都合等で全体的な計画が少し遅れているが、次年度以降、適宜、サンプル処理などを計画的に進める準備を整えることができた。また、飼育実験用のスペースなどの問題から水槽を用いた実験の実施がやや遅れていたが、こちらについても現在までに、実験環境を整えることができた。したがって、今後は問題なく本研究計画を遂行できるものと考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
R３年度は、前年度からの飼育実験の継続と野外調査の実施を併行するとともに、蓄積されたサンプルの分析も随時進める。得られた成果については学術論文や学会などで発表するとともに、一般市民向けの公開講座などでも紹介していく予定である。
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| Causes of Carryover |
当初、研究補助者の謝金として予算を計上していたが、補助者無しで実施できたため使用する必要が無くなった。また、サンプルの処理（DNA抽出やRNA抽出など）が一部遅れており、消耗品の使用が少なくなった。しかし、次年度からは、謝金で学生を雇用するなどして速やかに処理に取りかかる準備を整えており、問題ないと考えている。また、当初の計画よりもサンプル数が増加しているため、今年度の未使用分は次年度のサンプル処理に必要な消耗品などの予算としても使用する予定である。
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