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2022 Fiscal Year Annual Research Report

CRISPRを利用した新規ウィルス(ファージ)ゲノム同定そして進化の考察

Research Project

Project/Area Number 20K21405
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

井ノ上 逸朗  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (00192500)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Keywords新規ウイルス / CRISPR-Cas / ファージ / 縄文人
Outline of Annual Research Achievements

これまでウイルスに関しては病原ウイルスを対象とした研究が多く、地球上に存在するウイルスはほとんど未知の存在と言っても過言ではない。しかしながら、ウイルスは地球上でもっとも個体数の多い、遺伝物質を有する有機体集団である。全てのウイルスは特定の細胞に感染し増殖する。ウイルスと細胞の間では遺伝子の水平伝播と軍拡的進化競争が起こり、これらは進化の原動力となった。多くのウイルスのゲノムを解析することで、ウイルスのみならず、細胞性生命の進化と起源についての新たな理解も得られるだろう。 これまでのウイルスゲノムを探索する研究は、相同性検索によって検出される、既知のウイルスに近縁な種に限られていた。本研究の目的は、1)CRISPR免疫記 憶を利用して相同性検索に依存しない方法でファージゲノムを探索し、さらに得られたゲノム配列を用いてウイルス全体の進化と起源を明らかにすること、2) 古代ウイルス配列決定をおこない、ウイルス進化を年代確立した上で検討すること、である。

  • Research Products

    (11 results)

All 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] Extraction of CRISPR-targeted sequences from the metagenome2022

    • Author(s)
      Sugimoto Ryota、Nishimura Luca、Nguyen Phuong Thanh、Inoue Ituro
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 3 Pages: 101525~101525

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2022.101525

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Detection of Ancient Viruses and Long-Term Viral Evolution2022

    • Author(s)
      Nishimura Luca、Fujito Naoko、Sugimoto Ryota、Inoue Ituro
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 14 Pages: 1336~1336

    • DOI

      10.3390/v14061336

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Virome analyses of the ancient individuals who lived in the Japanese archipelago 3,000 years ago2022

    • Author(s)
      Luca Nishimura, Ryota Sugimoto, Inoue Ituro
    • Organizer
      International Virus Bioinformatics Meeting 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comprehensive discovery of CRISPR targeted sequences from the human gut metagenome2022

    • Author(s)
      Ryota Sugimoto, Luca Nishimura, Phuong Thanh Nguyen, Jumpei Ito, Nicholas F. Parrish, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Hirofumi Nakaoka and Ituro Inoue
    • Organizer
      International Virus Bioinformatics Meeting 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヒト腸内メタトランスクリプトームから検出されたRNAウイルス2022

    • Author(s)
      杉本竜太、西村瑠花、井ノ上逸朗
    • Organizer
      日本進化学会第24回年会
  • [Presentation] Comprehensive discovery of CRISPR-targeted sequences in the human gut metagenome2022

    • Author(s)
      Ryota Sugimoto, Luca Nishimura, Inoue Ituro
    • Organizer
      2022 annual meeting of the American Society of Human Genetics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] CRISPR-targeted non-transcribed RNA sequences in the human gut metatranscriptome2022

    • Author(s)
      杉本竜太、西村瑠佳、井ノ上逸朗
    • Organizer
      日本分子生物学会 第45回年会
  • [Presentation] 日本列島古代人のゲノムデータを用いた古代微生物解析2022

    • Author(s)
      西村瑠佳, 杉本竜太, 神澤秀明, 篠田謙一, 井ノ上逸朗
    • Organizer
      日本進化学会第24回大会
  • [Presentation] Ancient virome analyses of ancient individuals who lived in Japanese archipelago2022

    • Author(s)
      Luca Nishimura, Ryota Sugimoto, Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Ken-ichi Shinoda, Ituro Inoue
    • Organizer
      ASHG Annual meeting 2022 of American Society of Human Genetics
  • [Presentation] 古代人由来全ゲノムシーケンシングデータを用いた古代ウイルス探索2022

    • Author(s)
      西村瑠佳, 杉本竜太, 神澤秀明, 篠田謙一, 井ノ上逸朗
    • Organizer
      日本分子生物学会第45回年会
  • [Presentation] 古代人由来全ゲノムシーケンシングデータを用いた古代バイローム解析2022

    • Author(s)
      西村瑠佳、杉本竜太、井ノ上逸朗
    • Organizer
      日本人類遺伝学会 第67回大会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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