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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Effcient and secure search via graph annymization techniques for large individual genome database

Research Project

Project/Area Number 20K21827
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

渋谷 哲朗  東京大学, 医科学研究所, 教授 (60396893)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Keywordsアルゴリズム理論 / 個人ゲノム / プライバシー / 検索技術 / グラフ理論
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は大規模個人ゲノムデータに対し、究極の個人情報ともいわれるゲノムデータの倫理的特性に合致した安全かつ効率的な検索・解析手法を実現することである。その実現のために、様々なデータを複雑に表現できるグラフ構造を活用し、必要なデータを保持しつつ匿名化を行うグラフ匿名化とよぶ手法の確立をめざしている。特に複数ゲノムをコンパクトに表現する技術として、ゲノムグラフとよばれる技術があり、このゲノムグラフを拡張することによってこれらを実現するとともに、匿名化データに対する検索・解析技術の開発も行っていくことをめざしている。
昨年度までに、ゲノムグラフを圧縮表現する技術の開発に成功した。また、χ2統計量やコクラン・アーミテージ統計量、TDT統計量やそれらの上位情報の差分プライバシーにもとづく匿名化公開手法の開発に成功した。また、グラフ理論的な観点を活用し、データ保護を行うwearleveling技術の開発にも成功した。
最終年度である本年度は、これらの研究をさらに推し進め、また、医療情報からグラフ情報を抽出する技術として重要な支援言語技術の開発に成功した。また、がんの遺伝子発現情報からグラフ情報を抽出するための基盤技術の開発にも成功した。さらに、グラフ匿名化の基盤となるグラフ理論の研究として、グラフ匿名化の際のグラフ情報の編集がどのようにグラフの特質に影響を与えるか、について理論的な結果を得ることに成功した。同様に文字列に対する編集についても文字列の特質にどのような影響を与えるかについての理論的な結果を得ることにも成功した。さらに離散フーリエ変換を活用した、統計値上位情報の公開のためのさらに有効な手法の開発に成功した。また、k-匿名化と差分プライバシーの双方の要請に対応する新たな匿名化技術の開発にも成功した。

  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 4 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Genetic algorithm-based feature selection with manifold learning for cancer classification using microarray data2023

    • Author(s)
      Wang Zixuan、Zhou Yi、Takagi Tatsuya、Song Jiangning、Tian Yu-Shi、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics

      Volume: 24 Pages: 未定

    • DOI

      10.1186/s12859-023-05267-3

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Privacy-Preserving Statistical Analysis of Genomic Data Using Compressive Mechanism with Haar Wavelet Transform2023

    • Author(s)
      Yamamoto Akito、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      Journal of Computational Biology

      Volume: 30 Pages: 176~188

    • DOI

      10.1089/cmb.2022.0246

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] (ε, k)-Randomized Anonymization: ε-Differentially Private Data Sharing with k-Anonymity2023

    • Author(s)
      Yamamoto Akito、Kimura Eizen、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      Proceedings of the 16th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies

      Volume: 1 Pages: 287-297

    • DOI

      10.5220/0011665600003414

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Hardness of Bounding Influence via Graph Modification2023

    • Author(s)
      Barish Robert D.、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      LNCS

      Volume: 13878 Pages: 129~143

    • DOI

      10.1007/978-3-031-23101-8_9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Developing Language Resources and NLP Tools for the North Korean Language2022

    • Author(s)
      Arda Akdemir, Yeojoo Jeon and Tetsuo Shibuya
    • Journal Title

      Proc. 13th Conference on Language Resources and Evaluation

      Volume: 1 Pages: 5595-5600

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optimally Confining Lattice Polymers, Proc. Canadian Conference on Computational Geometry2022

    • Author(s)
      Robert Barish, Tetsuo Shibuya
    • Journal Title

      Proc. CCCG

      Volume: 1 Pages: 24-31

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proper Colorability of Segment Intersection Graphs2022

    • Author(s)
      Barish Robert D.、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      Proc. COCOON

      Volume: 1 Pages: 573~584

    • DOI

      10.1007/978-3-031-22105-7_51

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficient and Highly Accurate Differentially Private Statistical Genomic Analysis using Discrete Fourier Transform2022

    • Author(s)
      Yamamoto Akito、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      Proc. The 21st IEEE International Conference on Trust, Security and Privacy in Computing and Communications

      Volume: 1 Pages: 525-532

    • DOI

      10.1109/TrustCom56396.2022.00078

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] String Editing Under Pattern Constraints2022

    • Author(s)
      Barish Robert D.、Shibuya Tetsuo
    • Journal Title

      New Trends in Computer Technologies and Applications. ICS 2022. Communications in Computer and Information Science,

      Volume: 1723 Pages: 13~24

    • DOI

      10.1007/978-981-19-9582-8_2

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Efficient and Highly Accurate Differentially Private Statistical Genomic Analysis using Discrete Fourier Transform2023

    • Author(s)
      Akito Yamamoto, Tetsuo Shibuya
    • Organizer
      IPSJ CSEC-100
  • [Presentation] 個人医療時代のバイオインフォマティクス2023

    • Author(s)
      渋谷哲朗
    • Organizer
      学習院桜友回寄付講座(生命情報社会学)シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Differentially Private Methods in Bioinformatics2023

    • Author(s)
      Tetsuo Shibuya
    • Organizer
      Combinatorial Problems of Strings and Graphs and Their Applications in Bioinformatics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Privacy-Preserving Statistical Analysis of Genomic Data using Compressive Mechanism with Haar Wavelet Transform2022

    • Author(s)
      Akito Yamamoto, Tetsuo Shibuya
    • Organizer
      RECOMB Privacy and Security Workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Counting on a rainbow connection2022

    • Author(s)
      Robert Barish, Tetsuo Shibuya
    • Organizer
      Italian Conference on Theoretical Computer Science
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 大規模医療データが変えるこれからの医科学研究2022

    • Author(s)
      渋谷哲朗
    • Organizer
      シンポジウム『超高齢社会を考えるⅥ』
    • Invited
  • [Presentation] Privacy preserving technologies toward safe medical science2022

    • Author(s)
      Tetsuo Shibuya
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Japanese Society for Investigative Dermatology (JSID)
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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