2021 Fiscal Year Research-status Report
The genetic basis of DNA methylation in rice
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20K22671
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
佐々木 江理子 九州大学, 理学研究院, 准教授 (20626402)
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| Project Period (FY) |
2020-09-11 – 2023-03-31
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| Keywords | イネ / DNAメチル化 / 栽培化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、モデル植物イネにおいて、トランスポゾンの活性を調節するゲノム防御システムであるDNAメチル化形質がどのように栽培化に関与したのかという問いに答えるため、イネ野生系統、栽培系統についてDNAメチル化表現型の定量と集団間の比較を行なった。
長い栽培化の歴史を持つイネには、遺伝的な多様性に富む共通の祖先野生集団 Oryza rufipogonから派生したジャポニカとインディカという2つの大規模な栽培集団が存在し、ジャポニカとインディカ間では平均DNAメチル化量に約1.6倍という大きな違いがある他、さらに、トランスポゾンの転写活性が異なる事が報告されている。
インディカ、ジャポニカ、それぞれの野生集団を含む36系統についてゲノムワイドなDNAメチル化シークエンスを行い、トランスポゾン領域のメチル化量を測定したところ、いずれの栽培系統でもDNAメチル化量が野生系統と比較して低く、また、バリエーションが限られている事が明らかとなった。既報のジャポニカ、インディカ間のDNAメチル化量の差異も観察されたが、これらの違いは野生系統に見られるバリエーションと比較し、非常に小さい事が確認された。
これらの結果は、独立して生じた栽培化のプロセスにおいて、DNAメチル化量が低い系統が選抜された可能性を示唆しており、現在行なっている原因遺伝座の同定と併せて、栽培化にDNAメチル化の変化がどのように関与したのかを明らかにする手がかりとなる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナの影響を受け実験環境の立ち上げが遅れたため、大規模なイネ野生集団を用いたゲノムワイド連関解析の計画が遅延した。
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| Strategy for Future Research Activity |
大規模なイネ野生集団のDNAメチル化データを取得が完了し、現在はこれらを用いたゲノムワイド連関解析を実施している。また、これらの関連遺伝子座にかかる人為選択についても集団遺伝学的手法を用いて解析を行なっており、イネ栽培化におけるDNAメチル化形質の関与と遺伝的基盤について網羅的に明らかにしていく予定である。
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| Causes of Carryover |
新型コロナの影響で出張がキャンセルとなった事から差額が生じた。
次年度、追加実験のための消耗品購入、および論文出版の経費として使用する。
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Research Products
(1 results)
