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2021 Fiscal Year Research-status Report

Development of degrader targeting proteins regulated by ubiquitination

Research Project

Project/Area Number 20K22711
Research InstitutionKyoto Prefectural University of Medicine

Principal Investigator

横尾 英知  京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (80881424)

Project Period (FY) 2020-09-11 – 2023-03-31
Keywordsタンパク質分解剤 / キメラ分子 / PROTAC / プロテアソーム / ユビキチン
Outline of Annual Research Achievements

新たな創薬手法として期待されているタンパク質分解誘導剤は、標的タンパク質のユビキチン化、プロテアソームによる分解を導く。しかしユビキチン化により機能が変化するタンパク質や分解を引き起こせない生体内の機能不全による副作用が課題となりうる。そこで本研究では、プロテアソームを標的タンパク質に直接近づけてユビキチンに依存しない分解誘導剤の開発を試みた。本年度は、プロテアソームリガンドと標的タンパク質リガンドとの組み合わせを変換したキメラ化合物を検討することで分解誘導剤の開発を目指す。まず、標的タンパク質リガンドのモデルとしてプロスタグランジンD合成酵素(H-PGDS)に着目し、分解誘導剤の開発を行った。これまで得られた分解誘導剤を基に分子モデリングを用いてリンカー構造の最適化を行ったところ、高活性な分解誘導剤(DC50 = 17.3 pM)の開発に成功し、分解誘導剤の開発に有用となる標的タンパク質リガンドを明らかとした。得られた標的タンパク質リガンドを基に、複数種のプロテアソームリガンドを結合したキメラ化合物を合成し、その分解活性を評価した。その結果、いくつかの化合物で標的タンパク質の減少は見られたものの、濃度依存性は観測されなかった。そこで標的タンパク質を変更し、さらなる検討を行なった。核内受容体を標的としたキメラ化合物を評価した。プロテアソームリガンドとのキメラ化合物により観測された標的タンパク質の減少は、ユビキチン活性化酵素阻害剤などを用いた評価等によりプロテアソームによる分解であるもののユビキチンを介することを明らかとした。以上のように、本研究ではプロテアソームリガンドと標的タンパク質リガンドとのキメラ化合物を種々合成し、ユビキチンを介するものの標的タンパク質を減少させる化合物を得ることに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では、モデル標的タンパク質となるプロスタグランジンD合成酵素(H-PGDS)を高効率で分解できる分解誘導剤を見いだし、分解誘導剤開発に有用な標的タンパク質リガンドを取得した。さらに、プロテアソームリガンドと標的タンパク質リガンドとの組み合わせを変換したキメラ化合物の種々合成した。特に、核内受容体を標的としたキメラ化合物を合成し、その分解活性を評価した結果、標的の減少が観測されたため、ユビキチン活性化酵素阻害剤を用いた評価等により分解機構を検討したところ、ユビキチンを介したプロテアソームによる分解であることを明らかとした。こうしたプロテアソームリガンドと標的タンパク質リガンドのキメラ化合物はユビキチンを介さない機構ではないものの、標的タンパク質を減少する興味深い機能をもつことを明らかとした。

Strategy for Future Research Activity

小分子やペプチドなど様々なモダリティのプロテアソームリガンドを用いてキメラ分子を合成・評価し、分解誘導剤の開発を試みることに加えて、タグを用いてより人工的な系を基にした分解機構の検討を試みる。

Causes of Carryover

分解機構解析や化合物の精査ため、試薬の購入費用を次年度に繰り越し、次年度の使用計画とする。

  • Research Products

    (10 results)

All 2021

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Discovery of a Highly Potent and Selective Degrader Targeting Hematopoietic Prostaglandin D Synthase via In Silico Design2021

    • Author(s)
      Yokoo Hidetomo、Shibata Norihito、Endo Akinori、Ito Takahito、Yanase Yuta、Murakami Yuki、Fujii Kiyonaga、Hamamura Kengo、Saeki Yasushi、Naito Mikihiko、Aritake Kosuke、Demizu Yosuke
    • Journal Title

      Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 64 Pages: 15868~15882

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.1c01206

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-activity relationship study of amphipathic antimicrobial peptides using helix‐destabilizing sarcosine2021

    • Author(s)
      Yokoo Hidetomo、Hirano Motoharu、Ohoka Nobumichi、Misawa Takashi、Demizu Yosuke
    • Journal Title

      Journal of Peptide Science

      Volume: 27 Pages: e3360

    • DOI

      10.1002/psc.3360

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Peptide Stapling Improves the Sustainability of a Peptide-Based Chimeric Molecule That Induces Targeted Protein Degradation2021

    • Author(s)
      Yokoo Hidetomo、Ohoka Nobumichi、Takyo Mami、Ito Takahito、Tsuchiya Keisuke、Kurohara Takashi、Fukuhara Kiyoshi、Inoue Takao、Naito Mikihiko、Demizu Yosuke
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 8772~8772

    • DOI

      10.3390/ijms22168772

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高活性・高選択的な造血 器型プロスタグランジン D 合成酵素分解誘導剤の開発2021

    • Author(s)
      横尾英知,柴田識人,遠藤彬則,伊藤貴仁,柳瀬雄太,村上優貴,藤井清永, 大庭誠,佐伯泰,内藤幹彦,有竹浩介,出水庸介
    • Organizer
      ケミカルバイオロジー第 15 回年会
  • [Presentation] 造血器型プロスタグランジンD合成酵素分解誘導剤の創製2021

    • Author(s)
      村上優貴,大澤陽,柴田識人,横尾英知,伊藤貴仁,柳瀬雄太,黒原崇,出水庸介
    • Organizer
      第 65 回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] ペプチド型E3リガンドを基にしたナノ粒子の開発2021

    • Author(s)
      横尾英知,鈴木美紀,大庭誠
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] リンカー構造に着目したH-PGDS分解誘導剤の構造活性相関研究2021

    • Author(s)
      大澤陽,黒原崇,横尾英知,伊藤貴仁,栁瀨雄太,柴田識人,有竹浩介,内藤 幹彦,出水庸介
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] H-PGDS分解誘導剤の構造活性相関研究2021

    • Author(s)
      村上優貴,黒原 崇,横尾英知,伊藤貴仁,柳瀬雄太,柴田識人,有竹浩介,内藤幹彦,出水庸介
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] 造血器型プロスタグランジンD合成酵素を標的とした選択的タンパク質分解誘導剤の開発2021

    • Author(s)
      柴田識人、横尾英知、遠藤彬則、伊藤貴仁、栁瀨雄太、村上優貴、藤井清永、佐伯泰、内藤幹彦、有竹浩介、出水庸介
    • Organizer
      第94回日本生化学会
  • [Presentation] 固相法によるタンパク質分解誘導剤の迅速・効率的合成2021

    • Author(s)
      許涵喬,黒原崇,横尾英知,辻厳一郎,柴田識人,大岡伸通,井上貴雄,出水庸介
    • Organizer
      日本薬学会第142年会

URL: 

Published: 2022-12-28  

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