Revealing molecular mechanisms of cancer cell heterogeneity induced by inter-cellular interaction

2021 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20K22839
• Research Category: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: 0901:Oncology and related fields
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: Kojima Yasuhiro 名古屋大学, 医学系研究科, 特任助教 (00881731)
• Project Period (FY): 2020-09-11 – 2022-03-31
• Keywords: 空間トランスクリプトーム / 一細胞トランスクリプトーム / 深層生成モデル

Outline of Final Research Achievements

Cell-cell interactions contribute to the diversity of cancer cells by significantly altering the cellular state. In this study, we will clarify the diversity of cell states based on cell-cell interactions in tumor tissues of cancer cells and other cells, and explore the molecular mechanisms of these interactions. To this end, we developed a novel method, DeepCOLOR, based on a deep generative model. We have identified a population of cancer cells and Fibroblasts that co-localize in the tumor infiltrate.

Free Research Field

生命情報科学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究で開発を行ったDeepCOLORは、これまで困難であった一細胞トランスクリプトームの空間分布を復元するための情報科学的な方法提供している。また、細胞間の共局在関係をデータ駆動的にとらえ、さらにその間に存在する分子機構までを明らかにすることで、新規創薬の標的になる分子の効率的な探索を可能にする枠組みとなることが期待される。