単一細胞遺伝子発現解析を用いたIgA腎症における免疫細胞の役割の網羅的解析

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20K22909
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 桐田 雄平 京都府立医科大学, 医学部附属病院, 専攻医 (30783097)
• Project Period (FY): 2020-09-11 – 2022-03-31
• Keywords: IgA腎症 / シングルセルシーケンス

Outline of Annual Research Achievements

まず，末梢血単核細胞（Peripheral Blood Mononuclear Cells: PBMCs）の採取方法について検討し，密度勾配法を用いて採取することとした。
倫理審査委員会の承認に遅れが生じているため，まずは健常者PBMCsについてのsingle cell RNA sequencing(scRNA-seq)解析を行うこととした。10X Chromium systemおよび次世代シーケンサーにより得られた遺伝子発現情報から，主に統計解析ソフトR等を用いて遺伝子発現行列を得て，クラスタリング解析を行った。B細胞，T細胞，単球，樹状細胞，造血幹細胞，巨核球などが確認でき，それぞれのサブポピュレーションも加えると計20種類以上もの細胞種が存在することが明らかになった。
今後は倫理審査委員会の承認が得られ次第，実際の健常者および患者検体のPBMCsを用いて解析を行っていく予定である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

倫理委員会の承認が遅れているため，患者サンプルの収集が行えておらず，遅れが生じている。

Strategy for Future Research Activity

患者サンプルを用いたscRNA-seqを行い，健常者データと比較しIgA腎症の新規分子機序の解明をすすめていく。

Causes of Carryover

予備的な実験は行えたものの，倫理審査委員会の承認に遅れが生じており，実際のサンプルの回収が行えておらず，初年度の予定を消化できず，その分の予算を次年度に繰り越すこととなった。次年度にはサンプル回収及び解析に必要な試薬等の物品の購入に予算を割り当て，実験を進めていく予定である。